O trabalho em saúde no campo do HIV/Aids requer uma abordagem interdisciplinar e tem como desafios fundamentais a adesão da população aos métodos e medidas de prevenção e tratamento, assim como a efetivação do acesso e da integralidade na assistência, o enfrentamento à discriminação e à estigmatização das populações-chave e das pessoas que vivem com HIV. Além disso, ele mobiliza questões complexas relacionados à sexualidade e ao exercício da autonomia cidadã. Tendo isso em vista, analisamos neste trabalho dezoito protocolos clínicos que instruem a atuação profissional na assistência ao HIV/Aids, pautando temas a serem abordados e procedimentos para qualificar o atendimento. Realizamos uma revisão integrativa buscando elucidar o entendimento dos diretos sexuais e reprodutivos presente nestes documentos. Com a síntese dos resultados obtidos, organizamos três categorias a partir das quais são desenvolvidos a temática dos direitos sexuais e reprodutivos: vulnerabilidade; autonomia; gênero e diversidade sexual. Concluímos que os tópicos da vulnerabilidade, reiteradamente abordado, e da sexualidade, que coloca progressivamente em questão a desnaturalização dos papéis sociais de gênero, buscam convergir aspectos sociais, culturais e individuais, indicando um aprimoramento das práticas de promoção de autonomia e a efetivação dos direitos sexuais e reprodutivos na assistência ao HIV/Aids.