Ο Συστηματικός Ερυθηματώδης Λύκος (ΣΕΛ) είναι μια χρόνια, συστημική αυτοάνοση νόσος που εκδηλώνει ποικίλες κλινικές και μοριακές διαταραχές που αποδίδονται στην απώλεια αυτοανοχής στα νουκλεϊκά οξέα και άλλα ενδογενή αντιγόνα, με συνέπεια την παραγωγή αυτοαντισωμάτων. Η υπερβολική και μη αναστρέψιμη βλάβη των ιστών που προκαλείται από τα αυτοαντισώματα και την εναπόθεση των ανοσουμπλεγμάτων επηρεάζει τα υποκείμενα όργανα οδηγώντας σε σημαντική νοσηρότητα και αυξημένη θνησιμότητα. Τα μονοκύτταρα του περιφερικού αίματος επιδεινώνουν τη φλεγμονή και την ανάπτυξη βλάβης τελικών οργάνων στον ΣΕΛ. Τρεις κύριοι υποπληθυσμοί μονοκυττάρων έχουν αναγνωριστεί και συγκεκριμένα τα κλασικά, τα ενδιάμεσα και τα μη κλασικά μονοκύτταρα. Οι διαταραχές στην φυσιολογία των μονοκυττάρων αποτελούν βασικό πυλώνα της παθογένειας του ΣΕΛ και οδηγούν στη διαιώνιση της φλεγμονής και στη βλάβη των ιστών. Πρόσφατες μελέτες τονίζουν τη συμμετοχή τελικώς διαφοροποιημένων υποσυνόλων ανοσοκυττάρων στη βλάβη των ιστών και τη σοβαρότητα της νόσου. Πάρα τα σημαντικά ευρήματα ότι τα μη κλασικά μονοκύτταρα συμβάλλουν στην εξέλιξη της νόσου στους ιστούς στόχους, παραμένουν ο λιγότερο μελετημένος υπότυπος. Στόχος της παρούσας διατριβής είναι η περαιτέρω διερεύνηση του ρόλου και της λειτουργίας των μη κλασικών μονοκυττάρων στον ΣΕΛ. Η κατανόηση των μοριακών οδών που εμπλέκονται στην ενεργοποίηση και λειτουργία των μη κλασικών μονοκυττάρων στην περιφέρεια των ασθενών με ενεργό νόσο, πριν από τη μετανάστευση τους στους ιστούς στόχους, μπορεί να οδηγήσει στην ανάπτυξη στοχευμένων θεραπειών για τη ρύθμιση των αποτελεσμάτων τους. Για τον λόγο αυτό, στη παρούσα διατριβή πραγματοποιήσαμε έναν ολοκληρωμένο μεταγραφικό, πρωτεομικό και λειτουργικό χαρακτηρισμό των τριών περιφερικών μονοκυτταρικών υποπληθυσμών από ασθενείς με ενεργό ΣΕΛ και υγιή άτομα. Τα αποτελέσματά μας καταδεικνύουν εκτεταμένες μοριακές διαταραχές στα μη κλασικά μονοκύτταρα του περιφερικού αίματος, που χαρακτηρίζονται από ενισχυμένα φλεγμονώδη χαρακτηριστικά όπως η απορυθμισμένη επιδιόρθωση του DNA, ο κυτταρικός κύκλος και η αυξημένη σηματοδότηση ιντερφερόνης σε συνδυασμό με στοιχεία διαφοροποίησης και αναπτυξιακές διαδικασίες. Η ενισχυμένη βλάβη του DNA, η αυξημένη έκφραση του p53, η διακοπή του κυτταρικού κύκλου στην G0 φάση και η αυξημένη αυτοφαγία, τονίζουν τη δυνατότητα διαφοροποίησης των μη κλασικών μονοκυττάρων στον ΣΕΛ. Αυτό το παθογονικό προφίλ σχετίζεται με έναν ενεργοποιημένο φαινότυπο των μη κλασικών μονοκυττάρων που εμφανίζει χαρακτηριστικά M1 στην κυκλοφορία, τροφοδοτώντας τη φλεγμονώδη απόκριση. Συμπερασματικά, τα ευρήματα αυτά υπογραμμίζουν τα μη κλασικά μονοκύτταρα ως ένα παθογόνο κυτταρικό τύπο στη νόσο που θα μπορούσε να χρησιμοποιηθεί ως ένας επιπλέον θεραπευτικός στόχος για την νόσο.