Ο σκοπός της εργασίας είναι η διερεύνηση των οπτικών ιδιοτήτων της Διαλυτής Οργανικής Ύλης, DOM, σε μια μεγάλη περιοχή της Ανατολικής Μεσογείου η οποία καλύπτει τη Θάλασσα του Μαρμαρά, το Βόρειο-Κεντρικό και Νότιο Αιγαίο, το Νότιο Ιόνιο, τη Βορειοδυτική Θάλασσα της Λεβαντίνης καθώς και το Σπερχειό Ποταμό. Δευτερέυων στόχος της διατριβής είναι να μελετήσει την αυτόχθονη παραγωγή της CDOM. Για τον χαρακτηρισμό των οπτικών ιδιοτήτων της DOM καθώς και στη διερεύνηση της χημική σύνθεσης της DOM και στον προσδιορισμό διεργασιών μετασχηματισμού χρησιμοποιούνται η Χρωμοφόρα Διαλυτή Οργανική Ύλη (CDOM) και η Φθορίζουσα Διαλυτή Οργανική Ύλη (FDOM). Η CDOM είναι το τμήμα της DOM που έχει την ικανότητα να απορροφά ακτινοβολία στο υπεριώδες και ορατό τμήμα του ηλεκτρομαγνητικού φάσματος. Η FDOM είναι το τμήμα της CDOM που επιπλέον παρουσιάζει φθορισμό. Η CDOM παρουσιάζει μεγάλη οικολογική σημασία καθώς είναι από τους κυριότερους παράγοντες που ευθύνονται για την απορρόφηση της ηλιακής ακτινοβολίας στα φυσικά ύδατα επηρεάζοντας τις φωτοσυνθετικές διεργασίες. Για το σκοπό της εργασίας λήφθηκαν φάσματα απορρόφησης καθώς και φάσματα φθορισμού Excitation Emission Matrices. Για την ταυτοποίηση των φθοριζόντων στοιχείων πραγματοποιήθηκε ανάλυση Parallel FactorAnalysis, PARAFAC. Τα αποτελέσματά μας δείχνουν ότι τα ιδιαίτερα οπτικά χαρακτηριστικά των ποταμών και η επίδρασή τoυς στα παράκτια ύδατα μπορούν να προσδιοριστούν καλύτερα μέσω του φθορισμού. Η επιφάνεια της Θάλασσας του Μαρμαρά παρουσιάζει οπτικές ιδιότητες οι οποίες αποκλίνουν από τις παρατηρούμενες στις ανοικτές θάλασσες. Η Μαύρη Θάλασσα φαίνεται να εισάγει σημαντικές ποσότητες CDOM καιFDOM πρωτεϊνικής και χουμικής φύσεως στο Βόρειο Αιγαίο επηρεάζοντας τις οπτικές ιδιότητες της περιοχής και παρουσιάζοντας ταυτόχρονα εποχιακές διακυμάνσεις. Η φωτοδιάσπαση φαίνεται να είναι καθοριστικός παράγοντας αποικοδόμησης της CDOM και της FDOM χουμικής φύσεως στην επιφάνεια του Αιγαίου. Αντίθετα σε μεσοπελαγικά και βαθυπελαγικά νερά η μικροβιακή δραστηριότητα φαίνεται να οδηγεί σε εξάντληση των φθοριζόντων ουσιών πρωτεϊνικής φύσεως και στην παραγωγή χουμικών ενώσεων.Συνολικά η παρούσα εργασία δείχνει ότι η ανάλυση της CDOM και FDOM μπορεί να παρέχει χρήσιμες πληροφορίες σχετικά με τη σύνθεση της DOM και να παρακολουθήσει χημικές διεργασίες αλλοίωσης στις οποίες υπόκειται.