Οι λοιμώξεις του αναπνευστικού συστήματος είναι από τις πιο συνηθισμένες ασθένειες παγκοσμίως, προκαλώντας σημαντικό ποσοστό νοσηρότητας και θνησιμότητας στους ανθρώπους. Η παρούσα διδακτορική διατριβή είχε ως σκοπό την ανάπτυξη και βελτιστοποίηση μοριακών μεθόδων για τη διερεύνηση της συμμετοχής των αναπνευστικών ιών κορόνα NL63 και HKU1, της παραγρίπης , των πολύομα WU και KI και των εντεροϊών σε λοιμώξεις του ανώτερου και κατώτερου αναπνευστικού συστήματος. Ακολούθησε η μελέτη της επιδημιολογίας και η συλλογή κλινικών δεδομένων με σκοπό την πιθανή συσχέτισή τους με την εμφάνιση του κάθε ιού, καθώς και η ανάλυση της αλληλουχίας αντιπροσωπευτικών στελεχών του κορόνα NL63 και των εντεροϊών.Το υλικό που χρησιμοποιήθηκε, συλλέχθηκε κατά τη χειμερινή περίοδο τριών συνεχόμενων ετών, 2005-06, 2006-07 και 2007-08, και περιελάμβανε ρινικά επιχρίσματα και εκπλύματα από ασθενείς ηλικίας 0-18 ετών που εμφάνιζαν συμπτώματα λοίμωξης του αναπνευστικού συστήματος. ια την ανίχνευση των παραπάνω ιών χρησιμοποιήθηκαν μοριακές μέθοδοι, με τη χρήση εκκινητών που ήταν ειδικοί για συντηρημένες περιοχές του γονιδιώματός τους, οι οποίες περιελάμβαναν μία απλή ανάστροφής μεταγραφής PCR για την παραγρίπη , μία διπλή PCR πραγματικού χρόνου για τους πολυόμα WU και KI, μία διπλή ανάστροφής μεταγραφής PCR πραγματικού χρόνου για τους κορόνα NL63 και HKU1 και μια ανάστροφης μεταγραφής PCR πραγματικού χρόνου για τους εντεροϊούς. Για την ανάλυση της αλληλουχίας των NL63 στελεχών και των στελεχών των εντεροϊών χρησιμοποιήθηκαν μη-συντηρημένες περιοχές και η συσχέτισή τους έγινε μέσω απεικόνισης σε φυλογενετικά δέντρα.Συνολικά, 750 δείγματα συμπεριλήφθηκαν στη μελέτη, από τα οποία 136 (18,1%) βρέθηκαν θετικά για κάποιον από τους υπό μελέτη αναπνευστικούς ιούς. Συγκεκριμένα, 32 ασθενείς βρέθηκαν θετικοί σε πολυόμα, 33 σε εντεροϊούς, 16 σε παραγρίπη και 55 σε hCoV.Αντιπροσωπευτικά δείγματα που βρέθηκαν θετικά για τους ιούς hCoV NL63 και τους εντεροϊούς κατά τις τρεις χειμερινές περιόδους επιλέχθηκαν για να μελετηθούν φυλογενετικά. Από τα 41 θετικά για τον NL63 δείγματα επιλέχθηκαν 9 από αυτά ώστε να μελετηθούν φυλογενετικά. Από τα στελέχη αυτά, 2 απομονώθηκαν το 2006, 5 απο-μονώθηκαν το 2007 και τα υπόλοιπα 2 το 2008. Η σύγκριση της αλληλουχίας έδειξε ότι σε επίπεδο νουκλεοτιδίων και αμινοξέων τα στελέχη του 2006 και του 2007 ήταν όμοια, ενώ τα στελέχη που κυκλοφόρησαν το 2008, παρουσίαζαν νουκλεοτιδική ομολογία 89,9% και αμινοξική ομολογία 79%. Επίσης μελετηθηκαν 9 στελέχη εντεροϊών και αποκαλύφθηκε η κυκλοφορία διαφορετικών και ποικίλων στελεχών.