Ο κοροναϊός του σκύλου (canine coronavirus, CCoV) θεωρείται ένας από τους κύριους αιτολογικούς παράγοντες οξείας διάρροιας των σκύλων, ιδιαίτερα των νεαρών. Αποτέλεσμα της έντονης γενετικής ποικιλομορφίας που χαρακτηρίζει τον εν λόγω ιό ήταν η εμφάνιση δύο ξεχωριστών τύπων κοροναϊού, του τύπου Ι και του τύπου ΙΙ. Πρόσφατα, ο τύπος ΙΙ χωρίστηκε σε δύο νέους υποτύπους, τον IIa, στον οποίο κατατάσσονται τα κλασικά στελέχη και τον ΙΙb, στον οποίο ανήκουν στελέχη που αναδύθηκαν μετά από ανασυνδυασμό με τον ιό της μεταδοτικής γαστρεντερίτιδας του χοίρου. Τα τελευταία χρόνια ανιχνεύθηκαν στελέχη ιδιαίτερου ενδιαφέροντος, τα οποία έχουν τη δυνατότητα να διαπερνούν τον εντερικό φραγμό, προκαλώντας συστηματική μόλυνση στα ζώα. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η διερεύνηση της παρουσίας του κοροναϊού του σκύλου στην Ελλάδα, ο μοριακός χαρακτηρισμός των στελεχών που κυκλοφορούν, καθώς και η διαπίστωση της ύπαρξης στελεχών που ανιχνεύονται στα ζώα πέραν του εντερικού επιθηλίου. Για το σκοπό αυτό διενεργήθηκε δειγματοληψία κοπράνων και οργάνων από σκύλους με οξεία διάρροια από το Δεκέμβρη του 2007, η οποία διάρκεσε δύο χρόνια. Τα δείγματα προέρχονταν από κυνοκομεία, καταστήματα πώλησης ζώων συντροφιάς και κλινικές ζώων. Η εξέταση των δειγμάτων έγινε με χρήση των μεθόδων RT-PCR και real time (RT-) PCR με στόχο την ανίχνευση και το χαρακτηρισμό του CCoV στα κόπρανα και τα όργανα των σκύλων. Παράλληλα, με αλληλούχηση τμημάτων του γονιδιώματος του ιού, έγινε μοριακή και φυλογενετική ανάλυση των στελεχών. Το ποσοστό του CCoV που ανιχνεύθηκε σε ζώα με οξεία διάρροια ήταν υψηλό (65,05%). Ο ιός ανιχνεύθηκε, επίσης, στο 77,34% των σκύλων που διαβιούσαν ομαδικά και στο 55,13% των σκύλων που διαβιούσαν ατομικά. Σε σκύλους ηλικίας κάτω των 3 μηνών ανιχνεύτηκε στο 73,63% αυτών, ενώ σε σκύλους ηλικίας 3 μηνών και άνω στο 58,26%. Μετά από το μοριακό χαρακτηρισμό των ιών διαπιστώθηκε η παρουσία των δύο τύπων και των δύο υποτύπων στην Ελλάδα. Στην πλειοψηφία των θετικών ζώων ανιχνεύθηκαν μεικτές μολύνσεις (47,01%), με παρόντες περισσότερους του ενός τύπους ή υποτύπους. Παράλληλα διαπιστώθηκε η παραλλακτικότητα μεταξύ των στελεχών καθώς και η ύπαρξη ενός στελέχους που προέρχονταν από ανασυνδυασμό μεταξύ των δύο τύπων (THr/85/08). Επιπλέον, σε τρεις σκύλους ανιχνεύθηκαν στελέχη που διαπερνούν τον εντερικό φραγμό, ένα εκ των οποίων χαρακτηρίστηκε ως CCoVIIa (NA/09) και δύο ως CCoVIIb (66/09, 68/09). Τα δύο CCoVIIb στελέχη απομονώθηκαν στη συνεχή κυτταρική σειρά Α72. Από τη συγκεκριμένη μελέτη γίνεται εμφανής η παρουσία και η συχνότητα με την οποία εμφανίζεται ο CCoV σε ζώα με οξεία διάρροια στην Ελλάδα. Επιπλέον, υποδηλώνεται η συχνότερη εμφάνισή του σε ζώα που διαβιούν ομαδικά, καθώς και σε κουτάβια. Παράλληλα, από το χαρακτηρισμό αποδεικνύεται η συχνή εμφάνιση μεικτών μολύνσεων στην Ελλάδα και η συμμετοχή σε αυτές όλων των πιθανών συνδυασμών των τύπων και των υποτύπων του CCoV, με τις I/IIa/IIb μολύνσεις, να αναφέρονται για πρώτη φορά διεθνώς. Τα ελληνικά στελέχη εμφανίζουν έντονη παραλλακτικότητα, με τη μεγαλύτερη να αφορά στον τύπο Ι. Επιπλέον, έγινε σαφής η παρουσία αποκλίνοντος (ED/99/08/GR) αλλά και ανασυνδυασμένου (THr/85/08) στελέχους, ενισχύοντας τη θεωρία της έντονης γενετικής εξέλιξης και ποικιλομορφίας των κοροναϊών. Τέλος, διαπιστώθηκε η παρουσία στελεχών που διαπερνούν τον εντερικό φραγμό και στην Ελλάδα, τα οποία ομοιάζουν σε υψηλό ποσοστό με τα στελέχη αναφοράς. Για πρώτη φορά γίνεται ανίχνευση στελέχους του CCoVIIa στο πάγκρεας και στην καρδιά, ενώ όσον αφορά στα CCoVIIb στελέχη, παρουσιάζεται αναλυτικά για πρώτη φορά η κατανομή τους στα όργανα. Η απομόνωση των ανασυνδυασμένων TGEV-like στελεχών, δίνει τη δυνατότητα περαιτέρω έρευνας, σχετικά με την παθογένεια, καθώς και την κάλυψη των ζώων έναντι αυτών, μετά από χρήση του εμπορικού εμβολίου.