Salmonella paratyphi C, comme S. typhi, est adaptée à l'homme et provoque la fièvre typhoïde. Auparavant, nous avons rapporté différentes structures génomiques entre deux souches de S. paratyphi C, ce qui suggère que S. paratyphi C pourrait avoir un génome plastique (de grands segments d'ADN étant organisés dans différents ordres ou orientations sur le génome). Comme de nombreux agents pathogènes de Salmonella adaptés à l'hôte, mais pas tous, ont de grandes insertions génomiques ainsi que les réarrangements génomiques supposés qui en résultent, la plasticité du génome bactérien présente un phénomène évolutif extraordinaire. Les événements contribuant à la plasticité génomique, en particulier les grosses insertions, peuvent être associés à la formation de pathogènes Salmonella particuliers. Nous avons construit une carte du génome à haute résolution chez S. paratyphi C souche RKS4594 et avons localisé quatre insertions totalisant 176 kb (y compris le SPI7 de 90 kb) et sept délétions totalisant 165 kb par rapport à S. typhimurium LT2. Deux réarrangements ont été révélés, dont une inversion de 1602 kb couvrant la région ter et la translocation du fragment I-CeuI F de 43 kb. Les 23 souches de type sauvage analysées dans cette étude présentaient diverses structures génomiques, principalement en raison de la recombinaison entre les gènes rrn. Dans au moins deux cas, les réarrangements impliquaient une recombinaison entre des sites génomiques autres que les gènes rrn, éventuellement des gènes homologues dans les prophages. Deux souches avaient une délétion de 20 kb entre rrlA et rrlB, qui est une région très conservatrice et aucune délétion n'a été rapportée dans cette région dans d'autres lignées de Salmonella. S. paratyphi C a diverses structures génomiques parmi différents isolats, peut-être à la suite de grandes insertions génomiques, par exemple, SPI7. Bien que les agents typhoïdes de Salmonella ne soient pas plus étroitement liés entre eux que chacun d'eux à d'autres lignées de Salmonella, ils peuvent avoir évolué de manière similaire, c'est-à-dire en acquérant des gènes associés à la typhoïde suivis de réarrangements de la structure du génome. La comparaison de plusieurs agents typhoïdes de Salmonella à la fois au niveau du génome séquencé unique et au niveau de la population facilitera les études sur le processus évolutif de la pathogenèse de la typhoïde, en particulier l'identification des gènes associés à la typhoïde.

Salmonella paratyphi C, al igual que S. typhi, se adapta a los humanos y causa fiebre tifoidea. Anteriormente informamos de diferentes estructuras genómicas entre dos cepas de S. paratyphi C, lo que sugiere que S. paratyphi C podría tener un genoma plástico (grandes segmentos de ADN organizados en diferentes órdenes u orientaciones en el genoma). Como muchos, pero no todos, los patógenos de Salmonella adaptados al huésped tienen grandes inserciones genómicas, así como los reordenamientos genómicos supuestamente resultantes, la plasticidad del genoma bacteriano presenta un fenómeno evolutivo extraordinario. Los eventos que contribuyen a la plasticidad genómica, especialmente las inserciones grandes, pueden estar asociados con la formación de patógenos particulares de Salmonella. Construimos un mapa del genoma de alta resolución en la cepa RKS4594 de S. paratyphi C y localizamos cuatro inserciones con un total de 176 kb (incluido el SPI7 de 90 kb) y siete deleciones con un total de 165 kb en relación con S. typhimurium LT2. Se revelaron dos reordenamientos, incluida una inversión de 1602 kb que cubre la región ter y la translocación del fragmento I-CeuI F de 43 kb. Las 23 cepas de tipo salvaje analizadas en este estudio exhibieron diversas estructuras genómicas, principalmente como resultado de la recombinación entre genes rrn. En al menos dos casos, los reordenamientos implicaron la recombinación entre sitios genómicos distintos de los genes rrn, posiblemente genes homólogos en profagos. Dos cepas tuvieron una deleción de 20 kb entre rrlA y rrlB, que es una región altamente conservadora y no se ha informado ninguna deleción en esta región en ningún otro linaje de Salmonella. S. paratyphi C tiene diversas estructuras genómicas entre diferentes aislados, posiblemente como resultado de grandes inserciones genómicas, por ejemplo, SPI7. Aunque los agentes tifoideos de Salmonella pueden no estar más estrechamente relacionados entre sí que cada uno de ellos con otros linajes de Salmonella, pueden haber evolucionado de manera similar, es decir, adquiriendo genes asociados a la fiebre tifoidea seguidos de reordenamientos de la estructura del genoma. La comparación de múltiples agentes tifoideos de Salmonella tanto a nivel de genoma secuenciado único como de población facilitará los estudios sobre el proceso evolutivo de la patogénesis tifoidea, especialmente la identificación de genes asociados a la fiebre tifoidea.

Salmonella paratyphi C, like S. typhi, is adapted to humans and causes typhoid fever. Previously we reported different genome structures between two strains of S. paratyphi C, which suggests that S. paratyphi C might have a plastic genome (large DNA segments being organized in different orders or orientations on the genome). As many but not all host-adapted Salmonella pathogens have large genomic insertions as well as the supposedly resultant genomic rearrangements, bacterial genome plasticity presents an extraordinary evolutionary phenomenon. Events contributing to genomic plasticity, especially large insertions, may be associated with the formation of particular Salmonella pathogens.We constructed a high resolution genome map in S. paratyphi C strain RKS4594 and located four insertions totaling 176 kb (including the 90 kb SPI7) and seven deletions totaling 165 kb relative to S. typhimurium LT2. Two rearrangements were revealed, including an inversion of 1602 kb covering the ter region and the translocation of the 43 kb I-CeuI F fragment. The 23 wild type strains analyzed in this study exhibited diverse genome structures, mostly as a result of recombination between rrn genes. In at least two cases, the rearrangements involved recombination between genomic sites other than the rrn genes, possibly homologous genes in prophages. Two strains had a 20 kb deletion between rrlA and rrlB, which is a highly conservative region and no deletion has been reported in this region in any other Salmonella lineages.S. paratyphi C has diverse genome structures among different isolates, possibly as a result of large genomic insertions, e.g., SPI7. Although the Salmonella typhoid agents may not be more closely related among them than each of them to other Salmonella lineages, they may have evolved in similar ways, i.e., acquiring typhoid-associated genes followed by genome structure rearrangements. Comparison of multiple Salmonella typhoid agents at both single sequenced genome and population levels will facilitate the studies on the evolutionary process of typhoid pathogenesis, especially the identification of typhoid-associated genes.

السالمونيلا باراتيفي C، مثل S. typhi، تتكيف مع البشر وتسبب حمى التيفوئيد. في السابق، أبلغنا عن هياكل جينية مختلفة بين سلالتين من باراتيفي سي، مما يشير إلى أن باراتيفي سي قد يكون لها جينوم بلاستيكي (يتم تنظيم أجزاء كبيرة من الحمض النووي بترتيب أو توجهات مختلفة على الجينوم). نظرًا لأن العديد من مسببات أمراض السالمونيلا المتكيفة مع المضيف وليس جميعها تحتوي على إدراجات جينية كبيرة بالإضافة إلى إعادة الترتيب الجيني المفترضة، فإن مرونة الجينوم البكتيري تمثل ظاهرة تطورية غير عادية. قد ترتبط الأحداث التي تساهم في اللدونة الجينومية، وخاصة الإدخالات الكبيرة، بتكوين مسببات أمراض معينة من السالمونيلا. قمنا ببناء خريطة جينوم عالية الدقة في سلالة باراتيفي سي RKS4594 وحددنا أربع إدخالات يبلغ مجموعها 176 كيلو بايت (بما في ذلك 90 كيلو بايت SPI7) وسبع عمليات حذف يبلغ مجموعها 165 كيلو بايت بالنسبة إلى بكتيريا التيفيموريوم LT2. تم الكشف عن إعادة ترتيب اثنين، بما في ذلك انعكاس 1602 كيلوبايت يغطي منطقة TER ونقل شظية I - CeuI F 43 كيلوبايت. أظهرت السلالات البرية الـ 23 التي تم تحليلها في هذه الدراسة هياكل جينية متنوعة، معظمها نتيجة لإعادة التركيب بين الجينات. في حالتين على الأقل، تضمنت عمليات إعادة الترتيب إعادة التركيب بين المواقع الجينية بخلاف الجينات rrn، وربما الجينات المتماثلة في الطلائع. تحتوي سلالتان على حذف 20 كيلو بايت بين rrlA و rrlB، وهي منطقة محافظة للغاية ولم يتم الإبلاغ عن أي حذف في هذه المنطقة في أي سلالات أخرى من السالمونيلا. باراتيفي سي لديها هياكل جينوم متنوعة بين عزلات مختلفة، ربما نتيجة للإدراج الجيني الكبير، على سبيل المثال، SPI7. على الرغم من أن عوامل التيفوئيد السالمونيلا قد لا تكون أكثر ارتباطًا فيما بينها من كل منها بسلالات السالمونيلا الأخرى، إلا أنها قد تكون قد تطورت بطرق مماثلة، أي الحصول على الجينات المرتبطة بالتيفوئيد متبوعة بإعادة ترتيب بنية الجينوم. ستسهل مقارنة عوامل التيفوئيد المتعددة للسالمونيلا على كل من الجينوم المتسلسل الفردي ومستويات السكان الدراسات حول العملية التطورية لتسبب التيفوئيد، وخاصة تحديد الجينات المرتبطة بالتيفوئيد.