La protéine R (Vpr) virale du virus de l'immunodéficience humaine 1 (VIH-1) est une protéine accessoire dont il a été démontré qu'elle joue de multiples rôles dans la pathogenèse du VIH-1. En criblant des banques chimiques dans le dépôt de produits naturels RIKEN, nous avons identifié un composé à base de 3-phényl coumarine qui inhibait l'activité d'arrêt du cycle cellulaire du Vpr dans la levure et l'infection virale dépendante du Vpr des macrophages humains. Nous avons déterminé son pharmacophore minimal grâce à une étude de la relation structure-activité et avons produit des dérivés plus puissants. Nous avons détecté une liaison directe, et en testant un panel de mutants Vpr, nous avons trouvé que la région hydrophobe autour des résidus Glu-25 et Gln-65 était potentiellement impliquée dans la liaison de l'inhibiteur. Nos résultats ont exposé un site de ciblage sur Vpr et délimité une approche pratique pour explorer d'autres sites de ciblage sur la protéine en utilisant des inhibiteurs de petites molécules comme biosondes.

La proteína viral R (Vpr) del virus de la inmunodeficiencia humana 1 (VIH-1) es una proteína accesoria que se ha demostrado que tiene múltiples funciones en la patogénesis del VIH-1. Mediante el cribado de bibliotecas químicas en el Depósito de Productos Naturales de RIKEN, identificamos un compuesto a base de 3-fenil cumarina que inhibía la actividad de detención del ciclo celular de Vpr en levaduras y la infección viral dependiente de Vpr de macrófagos humanos. Determinamos su farmacóforo mínimo a través de un estudio de relación estructura-actividad y produjimos derivados más potentes. Detectamos la unión directa, y al analizar un panel de mutantes Vpr, encontramos que la región hidrófoba sobre los residuos Glu-25 y Gln-65 está potencialmente involucrada en la unión del inhibidor. Nuestros hallazgos expusieron un sitio de direccionamiento en Vpr y delinearon un enfoque conveniente para explorar otros sitios de direccionamiento en la proteína utilizando inhibidores de moléculas pequeñas como biosondas.

The human immunodeficiency virus 1 (HIV-1) viral protein R (Vpr) is an accessory protein that has been shown to have multiple roles in HIV-1 pathogenesis. By screening chemical libraries in the RIKEN Natural Products Depository, we identified a 3-phenyl coumarin-based compound that inhibited the cell cycle arrest activity of Vpr in yeast and Vpr-dependent viral infection of human macrophages. We determined its minimal pharmacophore through a structure-activity relationship study and produced more potent derivatives. We detected direct binding, and by assaying a panel of Vpr mutants, we found the hydrophobic region about residues Glu-25 and Gln-65 to be potentially involved in the binding of the inhibitor. Our findings exposed a targeting site on Vpr and delineated a convenient approach to explore other targeting sites on the protein using small molecule inhibitors as bioprobes.

البروتين الفيروسي R (Vpr) لفيروس نقص المناعة البشرية 1 (HIV -1) هو بروتين إضافي ثبت أن له أدوارًا متعددة في التسبب في فيروس نقص المناعة البشرية 1. من خلال فحص المكتبات الكيميائية في مستودع RIKEN للمنتجات الطبيعية، حددنا مركبًا قائمًا على الكومارين ثلاثي الفينيل يثبط نشاط إيقاف دورة الخلية لـ Vpr في الخميرة والعدوى الفيروسية المعتمدة على Vpr للبلاعم البشرية. حددنا الحد الأدنى من المستحضر الدوائي من خلال دراسة العلاقة بين الهيكل والنشاط وأنتجنا مشتقات أكثر فعالية. اكتشفنا ارتباطًا مباشرًا، ومن خلال فحص لوحة من طفرات Vpr، وجدنا أن المنطقة غير الآلفة للماء حول البقايا Glu -25 و Gln -65 من المحتمل أن تكون متورطة في ربط المثبط. كشفت النتائج التي توصلنا إليها عن موقع استهداف على Vpr وحددت نهجًا مناسبًا لاستكشاف مواقع الاستهداف الأخرى على البروتين باستخدام مثبطات الجزيئات الصغيرة كبروبات حيوية.