Die Taxonomie der Chroococcales ist noch nicht befriedigend. Am besten bewahrt haben sich bis heute die Systeme vonGeitler undElenkin. Es wird vorgeschlagen, diese beiden Systeme miteinander zu kombinieren und zugleich einige Gattungen zusammenzuziehen und andere zu streichen (vgl. die “systematische Einteilung der Chroococcales”, siehe unten). Auf Grund der neuen Einteilung konnten die dringend notwendigen Arten- und Gattungsrevisionen dieser Reihe vorgenommen werden.