Powered by OpenAIRE graph
Found an issue? Give us feedback
image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/ Innovative Biosystem...arrow_drop_down
image/svg+xml art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos Open Access logo, converted into svg, designed by PLoS. This version with transparent background. http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Open_Access_logo_PLoS_white.svg art designer at PLoS, modified by Wikipedia users Nina, Beao, JakobVoss, and AnonMoos http://www.plos.org/
addClaim

This Research product is the result of merged Research products in OpenAIRE.

You have already added 0 works in your ORCID record related to the merged Research product.

Designing a Multi-Epitope Vaccine Candidate to MERS-CoV: An in silico Approach

Designing a Multi-Epitope Vaccine Candidate to MERS-CoV: An in silico Approach

Abstract

Проблематика. Коронавірус Близькосхідного респіраторного синдрому (MERS-CoV), асоційований із важкими респіраторними захворюваннями, походить із регіону Близького Сходу. Вірус передається від тварин до людини, при цьому основним резервуарним хазяїном є одногорбий верблюд. Високий рівень смертності від вірусу спонукав до розроблення вакцин і терапевтичних засобів. Мета. Із застосуванням in silico підходу розробити потенційну вакцину проти MERS-CoV, зосереджуючись на білку M ​​як антигені. Методика реалізації. Послідовність білка M у форматі FASTA використовувалася для прогнозування епітопів B-клітин і епітопів головного комплексу гістосумісності I і II класу. З цих передбачуваних епітопів були обрані найкращі. До складу вакцини-кандидата входять епітопи, лінкери та мітки. Послідовність конструкції вакцини-кандидата, що складається з 390 амінокислот, було зворотно транскрибовано, оптимізовано і вставлено ​​в плазміду з метою клонування та експресії за допомогою SnapGene. Тривимірну структуру вакцини-кандидата було доковано з рецептором TLR-4. Моделювання молекулярної динаміки докованого комплексу було виконано за допомогою GROMACS gmx, версія 2021.4. Результати. За допомогою комп’ютерного моделювання й аналізу розроблено нову вакцину-кандидата із перспективними структурними та функціональними властивостями. Наші результати свідчать про те, що розроблена вакцина-кандидат має потенціал викликати сильну імунну відповідь. Висновки. Застосований in silico підхід пропонує до розгляду перспективну вакцину-кандидата проти MERS-CoV, яка здатна викликати як гуморальну, так і клітинну імунну відповідь. Цей кандидат має потенціал забезпечити захист широкого спектру від MERS-CoV.

Background. Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV), associated with severe respiratory illness, originates from the Middle East region. The virus is transmitted from animals to humans, with the dromedary camel serving as a significant reservoir. The virus's high fatality rate has spurred research into vaccine development and therapeutics. Objective. This study aimed to employ an in silico approach to design a potential vaccine candidate against MERS-CoV, focusing on the M protein as an antigen. Methods. The FASTA sequence of M protein was used to predict B cell and major histocompatibility complex class I and class II epitopes. The best epitopes were selected from these predicted epitopes. The vaccine candi­date's construct consisted of epitopes, linkers, and a tag. The sequence of the vaccine candidate's construct, consisting of 390 amino acids, was back-translated, optimized, and then inserted into a plasmid for cloning and expression using SnapGene. The 3D structure of the vaccine candidate is docked with TLR-4 receptor. Molecular dynamics simulation was run for this docked complex using GROMACS gmx, version 2021.4. Results. Through computational modeling and analysis, we developed a novel vaccine candidate with pro­mising structural and functional properties. Our results suggest that the designed vaccine candidate has the potential to induce a robust immune response. Conclusions. This in silico approach presents a promising MERS-CoV vaccine candidate designed to trigger both humoral and cellular immune responses. This candidate holds the potential to provide broad-spectrum protection against MERS-CoV.

Keywords

MERS-CoV, molecular dynamics simulation, біоінформатичні підходи, vaccine candidate's, вакцина-кандидат, моделювання молекулярної динаміки, molecular docking, bioinformatics approaches, молекулярний докінг

  • BIP!
    Impact byBIP!
    selected citations
    These citations are derived from selected sources.
    This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
    0
    popularity
    This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network.
    Average
    influence
    This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
    Average
    impulse
    This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network.
    Average
Powered by OpenAIRE graph
Found an issue? Give us feedback
selected citations
These citations are derived from selected sources.
This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
BIP!Citations provided by BIP!
popularity
This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network.
BIP!Popularity provided by BIP!
influence
This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically).
BIP!Influence provided by BIP!
impulse
This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network.
BIP!Impulse provided by BIP!
0
Average
Average
Average
gold
Related to Research communities