
Проблематика. Коронавірус Близькосхідного респіраторного синдрому (MERS-CoV), асоційований із важкими респіраторними захворюваннями, походить із регіону Близького Сходу. Вірус передається від тварин до людини, при цьому основним резервуарним хазяїном є одногорбий верблюд. Високий рівень смертності від вірусу спонукав до розроблення вакцин і терапевтичних засобів. Мета. Із застосуванням in silico підходу розробити потенційну вакцину проти MERS-CoV, зосереджуючись на білку M як антигені. Методика реалізації. Послідовність білка M у форматі FASTA використовувалася для прогнозування епітопів B-клітин і епітопів головного комплексу гістосумісності I і II класу. З цих передбачуваних епітопів були обрані найкращі. До складу вакцини-кандидата входять епітопи, лінкери та мітки. Послідовність конструкції вакцини-кандидата, що складається з 390 амінокислот, було зворотно транскрибовано, оптимізовано і вставлено в плазміду з метою клонування та експресії за допомогою SnapGene. Тривимірну структуру вакцини-кандидата було доковано з рецептором TLR-4. Моделювання молекулярної динаміки докованого комплексу було виконано за допомогою GROMACS gmx, версія 2021.4. Результати. За допомогою комп’ютерного моделювання й аналізу розроблено нову вакцину-кандидата із перспективними структурними та функціональними властивостями. Наші результати свідчать про те, що розроблена вакцина-кандидат має потенціал викликати сильну імунну відповідь. Висновки. Застосований in silico підхід пропонує до розгляду перспективну вакцину-кандидата проти MERS-CoV, яка здатна викликати як гуморальну, так і клітинну імунну відповідь. Цей кандидат має потенціал забезпечити захист широкого спектру від MERS-CoV.
Background. Middle East Respiratory Syndrome Coronavirus (MERS-CoV), associated with severe respiratory illness, originates from the Middle East region. The virus is transmitted from animals to humans, with the dromedary camel serving as a significant reservoir. The virus's high fatality rate has spurred research into vaccine development and therapeutics. Objective. This study aimed to employ an in silico approach to design a potential vaccine candidate against MERS-CoV, focusing on the M protein as an antigen. Methods. The FASTA sequence of M protein was used to predict B cell and major histocompatibility complex class I and class II epitopes. The best epitopes were selected from these predicted epitopes. The vaccine candidate's construct consisted of epitopes, linkers, and a tag. The sequence of the vaccine candidate's construct, consisting of 390 amino acids, was back-translated, optimized, and then inserted into a plasmid for cloning and expression using SnapGene. The 3D structure of the vaccine candidate is docked with TLR-4 receptor. Molecular dynamics simulation was run for this docked complex using GROMACS gmx, version 2021.4. Results. Through computational modeling and analysis, we developed a novel vaccine candidate with promising structural and functional properties. Our results suggest that the designed vaccine candidate has the potential to induce a robust immune response. Conclusions. This in silico approach presents a promising MERS-CoV vaccine candidate designed to trigger both humoral and cellular immune responses. This candidate holds the potential to provide broad-spectrum protection against MERS-CoV.
MERS-CoV, molecular dynamics simulation, біоінформатичні підходи, vaccine candidate's, вакцина-кандидат, моделювання молекулярної динаміки, molecular docking, bioinformatics approaches, молекулярний докінг
MERS-CoV, molecular dynamics simulation, біоінформатичні підходи, vaccine candidate's, вакцина-кандидат, моделювання молекулярної динаміки, molecular docking, bioinformatics approaches, молекулярний докінг
| selected citations These citations are derived from selected sources. This is an alternative to the "Influence" indicator, which also reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically). | 0 | |
| popularity This indicator reflects the "current" impact/attention (the "hype") of an article in the research community at large, based on the underlying citation network. | Average | |
| influence This indicator reflects the overall/total impact of an article in the research community at large, based on the underlying citation network (diachronically). | Average | |
| impulse This indicator reflects the initial momentum of an article directly after its publication, based on the underlying citation network. | Average |
