
Transposons sind genetische Sequenzen, die sich innerhalb eines Genoms replizieren können und in allen Lebensbereichen vorkommen. Sie erhöhen die genetische Variation, und ihre Dynamik hängt vom Gleichgewicht zwischen den Mechanismen der Transposition und des Verlustes ab. Dieses Gleichgewicht wiederum ist abhängig von Demografie, Rekombination, Selektion und der Umgebung. Diese genetische Variation kann adaptiv sein. Daher stellten wir die Hypothese auf, dass es bei der Domestikation südamerikanischer Kameliden eine Rolle spielen könnte. Mit Illumina-Reads haben wir diese Hypothese getestet, indem wir das relative Alter von Transposons bei domestizierten Arten (Lama und Alpaka) gemessen und mit ihren wilden Gegenstücken (Guanako und Vicugna) verglichen haben. Jede Transposon-Familie verhält sich anders. Das Alter von LINEs und SINEs kann durch phylogenetische Beziehungen erklärt werden: Llama sp. haben jüngere Kopien als Vicugna sp. Im Gegensatz dazu sind LTRs Art- und Transposon spezifisch. Kein Transposon unterstützt unsere Hypothese. Schließlich fanden wir Hinweise auf einen horizontalen Transfer repetitiver DNA zwischen Lamas und Alpakas, wahrscheinlich eine Folge ihrer Introgression. Transposable elements are genetic sequences that can replicate within a genome, present in all domains of life. They act as a source of genetic variation, and their dynamics depend on the balance between the mechanisms of transposition and suppression; this balance depends on demography, recombination, selection, and the environment. This genetic variation can be adaptive. Hence, we hypothesized that it could play a role in the domestication of South American camelids. Using publicly available Illumina reads, we tested that hypothesis by measuring the relative age of transposons in domesticated species (llama and alpaca) and comparing it with their wild counterparts (guanaco and vicugna, respectively). The resulting pattern depends on the transposon family. LINEs and SINEs age can be explained by phylogenetic relationships: Llama sp. have younger copies than Vicugna sp. In contrast, LTR patterns are species and transposon-specific. None of the families showed a pattern that would be congruent with a difference in transposition rates attributable to domestication. Finally, we also found evidence of horizontal transfer of repetitive elements between llama and alpaca, likely a consequence of their recent admixture. Christian Andres Ramos Uria Masterarbeit Universität für Bodenkultur Wien 2021 Mit deutscher Zusammenfassung
Domestikation, Kamele, Transposon
Domestikation, Kamele, Transposon
