El microbioma intestinal tiene múltiples implicaciones en la salud del hospedero, desde que nacemos estos microorganismos juegan un papel fundamental en la maduración del sistema inmune entérico y su reconocimiento entre los microorganismos patógenos y comensales. Además de ello, la microbiota influye en la digestión del hospedero otorgándoles a éstos un mayor poder digestivo y por otro lado ejercen influencia en el Sistema Nervioso Central por medio de diversas vías de comunicación.