Изложена методология исследования биоразнообразия национальных природных парков Украины, в основе которой лежит акваландшафтный подход. Он позволяет получить объективные и информативные сведения о современном экологическом состоянии, биоразнообразии объектов природно-заповедного фонда, оценить существующие и потенциальные угрозы, включая и трансграничное воздействие. The paper deals with methodology of studying biodiversity of National Natural Parks of Ukraine, based on aquatic landscapes approach. This approach permits to obtain objective information as regards present ecological condition, biodiversity of the Natural Reserve Fund, to assess existing and possible hazards, including the transboundary impact. Викладено методологію дослідження біорізноманіття національних природних парків України, в основі якої лежить акваландшафтний підхід. Він дає змогу отримати об’єктивні й інформативні відомості про сучасний екологічний стан, біорізноманіття об’єктів природно-заповідного фонду, оцінити наявні й потенційні загрози, включаючи і транскордонний вплив. Работа выполнена в Институте гидробиологии НАН Украины