В статье рассматриваются ключевые проблемы образовательной системы высшего профессионального образования в сфере подготовки инженерного состава нового качества, а именно, т.н. «инновационных инженеров». Автор приводит, в качестве необходимости рассмотрения этого вопроса, современное продвижение общества в сторону VI технологического уклада, который вызовет острую потребность в специалистах такого образа мышления. В связи с этим, возникает необходимость пересмотра существующей системы оценок квалификационного уровня и творческого потенциала инженеров. Из всего многообразия требований к инженерам вообще и к инновационным инженерам в особенности, основными следует считать развитый механизм принятия технических решений на изобретательском уровне и способность находить необходимую информацию и самообучаться. Для решения подобных задач необходимы творческие способности, которые должна развивать и воспитывать современная система инженерного образования. Для этого требуются существенные изменения в её методологической основе. Введение в систему образования метода двумерного обучения, главным принципом которого является ассоциативная привязка изучаемого материала и выполняемых заданий к другим предметным областям, Cистемного инжиниринга и ТРИЗ (Теории решения изобретательских задач) для управления творческим мышлением, позволят решить существенную часть зтой проблемы.