В статье рассматриваются вопросы, связанные с повышением эффективности управления процессами региональной интеграции производственных систем. Рассматриваются возможные методы управляющих воздействий со стороны региональных властей на вертикальные интегрированные структуры (ВИС). Приводится методика оценки эффективности формирования и развития региональной интегрированной структуры. Описываются результаты сценарного подхода к моделированию управления ВИС.