В настоящее время внедрение систем электронного документооборота становится одним из приоритетных направлений информационной политики государства. Однако степень теоретической проработки вопросов построения систем юридически значимого электронного документооборота оказывается не достаточной для их эффективного функционирования на практике. Предметом рассмотрения являются проблемы построения систем юридически значимого электронного документооборота. Цель работы заключается в анализе противоречий в существующих системах электронного документооборота, а так же в синтезе новой структуры системы, обеспечивающей ее эффективное функционирование. Методология исследования базируется на применении методов системного анализа, системотехники, теории защиты информации, учете требований нормативно-правовых документов, регламентирующих информационное взаимодействие в электронной среде. Анализируются основные функции и свойства электронного документа. Делается вывод о не достаточном (для построения эффективной системы электронного документооборота) понимании сущности понятия «целостность» электронного документа. На основе результатов системного анализа вводится понятие «системной целостности» электронного документа. Предлагается рассматривать электронный документ, как информационный объект, определяемый двумя сущностями: технической и юридической. Вводятся понятия «технической» и «юридической» целостности электронных документов. Классифицируется новая комплексная угроза информационной безопасности, характерная для систем юридически значимого электронного документооборота угроза «утраты юридической значимости информации». Определяются основные функциональные недостатки современных систем электронного документооборота. Вводится понятие «целостности системы электронного документооборота», как необходимого условия обеспечения юридической значимости электронных документов. Для обеспечения заданных качественных характеристик электронных документов на всех этапах их жизненного цикла предлагается дополнить структуру существующей системы подсистемой управления целостностью системы электронного документооборота. Определяются основные функции предлагаемой подсистемы. Вводится подкласс «систем электронного документооборота с замкнутым контуром обеспечения целостности». Делается вывод о необходимости дополнительного введения в состав электронного документа «системной электронной подписи», предназначенной для контроля легитимности объектов и процессов, участвующих в обеспечении жизненного цикла электронных документов. Предложенные решения могут быть использованы при организации ведомственного и межведомственного юридически значимого электронного взаимодействия.