Современные методические подходы к определению штатной численности сотрудников структурных подразделений исполнительных органов государственной власти в условиях инновационного развития экономических систем неизбежно строятся на сопоставлении затрат на содержание аппарата управления, с одной стороны, со степенью достижения целевых показателей инновационного развития, с другой. Эффективными являются системы управления, обеспечивающие: достижение планируемых общественно значимых результатов; рост эффективности использования имеющихся ресурсов, прежде всего, за счет широкого внедрения новых устройств (техники) и способов (технологий); более эффективное осуществление контроля за исполнением принятых решений. Предлагаемая методика базируется на рациональных принципах, учитывающих: фонд времени, нормативные потери, равенство трудоемкости решаемых задач трудоемкости выполняемых функций, степень влияния рассматриваемой экономической системы на динамику развития экономической системы вышестоящего уровня, максимально допустимую величину затрат, аппроксимируемую полином второй степени, в точке достижения целевых показателей инновационного развития управляемой экономической системы.