The study was carried out to establish values of parameters characterizing concentrations of pathogens (threshold cycle Ct) correlating with acute phase of viral gastroenteritis. The groups ofpatients with sporadic and group morbidity of acute intestinal infections were examined. The reagents kits Amplience (The central research institute of epidemiology, Russia), in real-time format polymerase chain reaction were applied to detect Rotavirus grA, Norovirus GII, Astrovirus, Adenovirus grF, Shigella spp, EIEC, Salmonella spp, Campylobacter spp (thermophilic group). The analysis was applied to distribution of Ct depending on isolated and combined detection ofpathogens in clinical samples. The evaluation was implemented concerning effect on Ct values of both inhibitors ofpolymerase chain reaction contained in feces and application of various amplifiers such as Rotor-Gene Q (QIAGEN, Germany), CFX96 (Bio-Rad, USA), "DT-96" (DNA technology, Russia). The risks of cross contamination during carrying out of investigations are evaluated. The asymmetric or bi-modal character of distribution of Ct values related to cases of combined detection of several pathogens is established. The following indicators are established common for patients with mono-infections (Ct mean±SD): Rotavirus grA (Ct 20.63±6.35; n=978), Norovirus GII Astrovirus (Ct 21.06±6.54; n=54), Adenovirus grF (Ct 8.42±2.4; n=42). The corresponding values for victims of infective episodes amounted to Norovirus GII (24.19±5.29; n=447) and Rotavirus grA (18.65±4.16; n=50). The recommendations are presented concerning practical interpretation of results of real-time polymerase chain reaction. The indirect characteristic of content ofpathogens in samples of clinical material derived from realtime polymerase chain reaction provides important information about association of pathogen with acute phase of disease. The high informativeness of given type of investigations support possibility of its effective implementation not only doing etiologic diagnostic but also in case of isolation ofpathogen in clinically healthy individuals and examination of objects of environment.

Цель работы определение значений параметров, характеризующих концентрации патогенов (пороговый цикл Ct), коррелирующих с острой фазой вирусных гастроэнтеритов. Обследованы группы пациентов со спорадической и групповой заболеваемостью острыми кишечными инфекциями с применением наборов реагентов Амплисенс (ФБУН ЦНИИ эпидемиологии, Россия) в формате real-time (ОТ)ПЦР на наличие Rotavirus grA, Norovirus GII, Astrovirus, Adenovirus grF, Shigella spp, EIEC, Salmonella spp, Campylobacter spp (термофильная группа). Анализировалось распределение Ct в зависимости от изолированного и сочетанного выявления патогенов в клинических образцах. Проводилась оценка влияния на значения Ct ингибиторов ПЦР, содержащихся в фекалиях, и применения различных амплификаторов: Rotor-Gene Q (QIAGEN, Германия), CFX 96 (Bio-Rad, США), «ДТ-96» (ДНК технология, Россия). Оценены риски перекрестной контаминации при проведении исследований. Выявлен асимметричный или бимодальный характер распределения значений Ct, связанный со случаями сочетанного выявления нескольких патогенов. Установлены следующие показатели, характерные для пациентов с моноинфекциями (Ct mean±SD): Rotavirus grA (Ct 20,63±6,35; n=978); Norovirus GII (Ct 23,09±6,14; n=794); Astrovirus (Ct 21,06±6,54; n=54); Adenovirus grF (Ct 8,42±2,4; n=42). Соответствующие значения для пострадавших при вспышках составили Norovirus GII (24,19±5,29; n=447), Rotavirus grA (18,65±4,16; n=50). Представлены рекомендации по практической интерпретации результатов real-time PCR. Косвенная характеристика содержания патогенов в образцах клинического материала, получаемая при проведении real-time ПЦР, дает важную информацию об ассоциации патогена с острой фазой заболевания. Высокая информативность данного вида исследований обеспечивает возможность его эффективного применения не только в целях этиологической диагностики, но также при выделении патогена у клинически здоровых людей и решении задач обследования объектов окружающей среды.