Формирование культурной флоры привело к снижению симбиотического потенциала растений, основанного на взаимодействиях с полезными микроорганизмами. Результатом этого стала трансформация микросимбионтов растений в неадаптивные формы, обусловленная: а) блокированием отбора в пользу штаммовмутуалистов; б) горизонтальным переносом генов в микробных сообществах, вызывающим возникновение вирулентных «ложных симбионтов». Математическое моделирование показало, что преодолению этих тенденций способствует формирование оптимальной популяционной структуры симбиосистемы, обладающей высокой целостностью и специфичностью взаимодействия партнеров, а также устойчивостью к внедрению неактивных аборигенных симбионтов из почвенных популяций.