В статье предложен авторский подход к развитию и использованию методологии пространственного анализа в целях организации регионального хозяйства, важной частью которого являются кластерный подход и особенности его национального применения. Подчеркивается потребность формирования региональных и межрегиональных кластеров в России.The paper describes the author’s approach to the development and utilization of the spatial analysis methodology for purposes of the regional economy organization with a focus on the cluster principle and its regional application specifics. the importance of establishing regional and inter-regional clusters in Russia is emphasized.