В статье управление рисками инновационных образовательных проектов рассматривается как раздел управления проектами, включающий в себя процессы, связанные с определением, анализом и разработкой соответствующих мер реагирования на риски в проекте. На основе анализа программ управления рисками конкретных инновационных образовательных проектов выявлены проблемы управления рисками в инновационных образовательных проектах, которые связаны с вариативностью, сложностью, масштабностью самих инновационных образовательных проектов, реализация которых происходит в условиях непрерывной модернизации образования, а также с недостаточным вниманием к процедурам идентификации, качественной оценки и количественного анализа рисков на протяжении жизненного цикла инновационных образовательных проектов. Решить данные проблемы позволит использование потенциала системного подхода к управлению рисками инновационных образовательных проектов, обеспечивающего комплексную реализацию функций управления рисками на всех стадиях процесса управления.