Стратегическое управление социально-экономической системы (СЭС) является одним из главных инструментов обеспечения ее эффективной и конкурентоспособной деятельности в условиях нестабильной среды. В статье рассмотрены основные проблемы осуществления процессов формирования стратегического управления социально-экономической системы. Проанализированы этапы процесса разработки стратегии социально-экономической системы в ходе ее создания и развития. Выявлены некоторые проблемы и предложены пути их решения на основе линейного программирования распределения ресурсов. В качестве методологической основы исследования использованы системный и комплексный подходы, стратегический анализ, а также метод линейного программирования. Сформулирован авторский подход к понятиям «социально-экономическая система», ресурсы, условия, фактор и возможности в контексте стратегического управления. Раскрыто содержание применения комплексного подхода к разработке этапов процессов стратегического управления. Для целей повышения эффективности стратегического управления СЭС предложена модель линейного программирования распределения ресурсов. Результаты исследования могут быть использованы при совершенствовании стратегического управления социально-экономических систем.