В статье дается критический анализ традиционной модели целостного подхода к проектированию педагогических систем. Автор показывает, что большинство педагогических исследований, посвященных проблеме обоснования и проектирования целостного педагогического процесса, выполнено в рамках марксистско-гегелевской интерпретации целостного подхода, для которой характерно естественнонаучное понимание. Последнее обусловило перенос в область педагогических исследований положений о системах, их интегративных свойствах, структурах и генезисе, которые основывались на выводах естественных наук и не соответствовали гуманитарной (постнеклассической) парадигме познания. В статье объясняется необходимость разработки собственно педагогического инструментария познания целостности педагогического процесса, которая не позволяла бы редуцировать целостность образования к его составным частям — усвоению предметных знаний, прагматических образцов поведения, фрагментов культурной реальности. Многообразию частных направлений образования необходимо противопоставить целостный подход, который ориентировался бы на целостную личность ребенка. Главный вывод статьи — обоснование методологических регулятивов построения современной стратегии системно-целостного подхода к исследованию и проектированию педагогической . The article gives a critical analysis of the traditional model of a holistic approach to the design of educational systems. The author shows that the majority of educational research, concerned with the problem of studying and designing the integral pedagogical process, is carried out within the framework of the Marxist-Hegelian interpretation of the holistic approach, which is characterized by natural scientific understanding of integrity. The latter led to a shift in the area of educational research covering the statements of the systems, their integrative properties, structure, and genesis, which relied on the findings of the natural sciences and failed to meet the humanitarian (or post-nonclassical) paradigm of the knowledge. The article substantiates the need for proper teaching tools for integrity learning of the pedagogical process, which would not allow to reduce the education integrity to its constituent parts — the subject knowledge assimilation, pragmatic behavior patterns, and fragments of cultural reality. The diversity of private areas of education should be countered by a holistic approach, which would be guided by the child's whole person. The article’s main purpose is substantiating the methodological regulators of building a modern strategy of system-holistic approach to the study and design of the educational reality.