В статье представлены результаты исследований методов анализа структуры программного обеспечения, построенного по архитектуре на основе интегральных объектов. Для определения операций структурного анализа выбрано представления соединений интегральных объектов в виде формул соединений и таблиц, а также формализованы операции интеграции и дезинтеграции соединений. Интеграция соединения с образованием нового класса заключается в инкапсуляции соединения в оболочку класса с присвоением степени интеграции классу на единицу больше, чем у соединения, а дезинтеграция заключается в обратном процессе извлечения соединения из оболочки класса с уменьшением степени интеграции на единицу. Табличное представление соединений объектов, которое включает как представление объектов, так и связей между ними, позволяет применить формальные методы анализа их структуры. Определено понятие структурной эквивалентности двух соединений как имеющих одинаковый состав и структуру соединения объектов, а также понятие функциональной эквивалентности двух соединений как реализующих одинаковую композицию функций. В качестве основных операций структурного анализа представлены две базовые операции определение структурной и функциональной эквивалентности двух соединений. Определение эквивалентности соединений сводится к сравнению табличного представления соединений с учетом перестановки строк и столбцов таблиц. Показано, что определение структурной эквивалентности возможно только для соединений одинаковой степени интеграции, а для определения функциональной эквивалентности нужно приведения соединений до атомарного уровня. Определение функциональной эквивалентности сведено к определению структурной эквивалентности атомарных формул соединений. В качестве производных операций выделено операции распознавания структурно и функционально эквивалентных классов для заданного соединения, основанные на базовых операциях определения эквивалентности, а также четыре операции эквивалентных преобразований соединений: структурно и функционально эквивалентная замена соединения на объект эквивалентного класса и частичная структурно и функционально эквивалентна замена фрагмента соединения на объект эквивалентного класса. Операции структурного анализа являются основой для эквивалентных преобразований соединений в процессе проектирования, верификации и оптимизации системы классов решения задач предметной области при разработке программного обеспечения.