У статті запропонований комплексний підхід для оцінки ефективності функціонування системи управління підрозділами Повітряних Сил Збройних Сил України з урахуванням факторів, що впливають на функціонування, вимог, що висуваються, досвіду організації управління. Рекомендовано завдання оцінки ефективності функціонування системи управління розглядати як процес ухвалення рішень по декількох показників. Проте реалізація цього підходу передбачає формування залежності результуючого показника від безлічі часткових, які характеризують відповідність системи управління своєму призначенню. Пропонується використання методів аналізу функціональних характеристик системи управління і побудови системи показників відповідно до функцій об’єкта дослідження. В якості формальної математичної конструкції використовується дерево цілей системи. Обґрунтований комплексний показник, що характеризує ефективність системи управління, що визначається точносними, тимчасовими або імовірнісними характеристиками правильного рішення.