Bacillus licheniformis provoca pérdidas de plantas en el cultivo in vitro. El uso de nanopartículas de plata (AgNPs) biosintetizadas a partir de extractos de plantas es una alternativa para controlar la contaminación causada por este microorganismo. El objetivo de este estudio fue caracterizar AgNPs biosintetizadas a partir de tres genotipos de Agave y evaluar su actividad antibacteriana. Las AgNP se caracterizaron mediante análisis espectroscópico UV-Vis, microscopía electrónica de transmisión y espectroscopia de rayos X de energía dispersiva. Las AgNP biosintetizadas a partir de A. tequilana y A. cupreata con un tamaño más pequeño mostraron una mejor eficacia antibacteriana contra B. licheniformis que las AgNP con un tamaño mayor, biosintetizadas a partir de A. salmiana. Nuestros resultados proporcionan un método ecológico, simple y de bajo costo para la biosíntesis de AgNP con actividad antibacteriana.