Introducción: La citrulina plasmática no está incorporada a las proteínas endógenas ni exógenas y constituye un teórico marcador de la atrofia vellositaria. El objetivo del estudio es relacionar los niveles plasmáticos de citrulina y arginina con la severidad de la afectación de la mucosa intestinal en pacientes celiacos. Material y métodos: Estudio transversal de cohortes en niños entre 16 meses y 14 años: 46 con enfermedad celíaca al diagnóstico; 9 celíacos siguiendo dieta sin gluten y 42 controles. Se determina concentración plasmática de aminoácidos, en mmol/L, y variables clínicas y analíticas asociadas. Resultados: No diferencias estadísticamente significativas en IMC, edad o función renal, con ligero incremento de esteatorrea en celíacos. Citrulina, arginina y glutamina plasmáticas significativamente más bajas en los casos (17,7 μmol/l, 38,7 μmol/l, 479,6 μmol/l respectivamente) que en controles (28,9 μmol/l, 56,2 μmol/l, 563,7 μmol/l). Citrulina plasmática significativamente más baja en grados avanzados de atrofia (13,8 μmol/l vs 19,7 μmol/l, p Introduction: Plasma citrulline is not incorporated in endogenous or exogenous proteins so it is a theoretical marker of villous atrophy. Our aim was to correlate plasma citrulline levels with severity of villous atrophy in celiac patients. Methods: Observational case-control study longitudinal in children 16 month-old to 14 year-old: 48 with untreated celiac disease, 9 celiac children under gluten free diet and 35 non-celiac healthy children. Plasma amino acids concentration is determined, expressed in μmol/L, and so are other clinical and analytical data. Results: No statistically significative difference found in the referring to BMI, age or renal function. Small increase in fecal fat in celiac children. Citrulline, arginine and glutamine are significantly lower in cases (17.7 μmol/l, 38.7 μmol/l, 479.6 μmol/l respectively) than in controls (28.9 μmol/l, 56.2 μmol/l, 563.7 μmol/l). Citrulline levels are significantly lower in the severe degrees of atrophy than in mild ones (13.8 μmol/l vs. 19.7 μmol/l, p < 0.05), not happening so with rest of amminoacids. Summary: Postabsortive mean of plasma citrulline is a good marker of reduction in enterocyte mass in celiac patients with villous atrophy; secondary reduction in plasma arginine too. Just a small histological alteration in intestinal biopsy is enough to differentiate citrulline in cases and controls and besides it can be seen that high levels of atrophy present with lower plasma citrulline.