Introducción: el control de la calidad de las aguas es vital para la protección de la salud humana y la biodiversidad en el ambiente acuático. Varios microorganismos son utilizados como indicadores de contaminación fecal para este propósito, dentro de ellos los enterococos son considerados buenos indicadores, porque sobreviven más tiempo ante condiciones adversas en la naturaleza. Objetivos: evaluar la capacidad de un nuevo método cromogénico alternativo para la detección y enumeración de enterococos en aguas por la técnica de filtración por membrana, en comparación con el método estándar ISO 7899:2. Métodos: se recolectaron muestras de aguas de tres orígenes diferentes para determinar su calidad. Las muestras se ensayaron en paralelo por las dos metodologías (alternativa y referencia), empleando la técnica de filtración por membrana. Para evaluar el desempeño de los métodos se determinaron varios parámetros: sensibilidad, especificidad, exactitud, porcentaje de falsos positivos, porcentaje de falsos negativos, índice kappa. Los tres primeros parámetros se calcularon para ambos métodos antes y después de la confirmación por pruebas bioquímicas. Los resultados se analizaron desde el punto de vista estadístico, teniendo en cuenta los principales criterios definidos en las normas ISO 16140 e ISO 177994. Resultados: con el método alternativo los resultados se obtuvieron a las 24 h, estos mostraron valores de sensibilidad (99 %) y exactitud (98 %) más elevados que con el de referencia (97 % y 97 %, respectivamente), el cual demoró más de 48 h. La eficiencia y exactitud de ambos métodos fue similar y se obtuvo una concordancia entre ellos casi perfecta (kappa = 0,96) con el total de las muestras de aguas ensayadas. Conclusiones: los resultados alcanzados indican que el método alternativo es eficiente para el recuento de enterococos provenientes de diferentes tipos de muestras de agua. Resulta además un método simple, más rápido y económicamente factible.