Введение. На современном этапе развития отечественной учетной науки аспекты, предполагающие проведение учетных процедур с целью внутреннего контроля, занимают значительное место в управлении финансово-хозяйственной деятельностью экономического субъекта. Внутренний контроль, который является частью системы бухгалтерского учета, является способом обнаружения недостатков системы и информационным источником для принятия адекватных управленческих решений. В статье представлена концепция построения эффективной системы внутреннего контроля запасов в бюджетных учреждениях. Для этого сформулированы цели, задачи и функциональные особенности системы внутреннего контроля запасов, установлены объекты и субъекты контроля. Методология. Теоретической основой обзорной части статьи послужили опубликованные результаты исследований отечественных и зарубежных ученых в области бухгалтерского учета в бюджетных учреждениях. В процессе исследования применялись общенаучные методы, такие как наблюдение, сравнение, систематизация и обобщение. Результаты. Разработана концептуальная модель построения системы внутреннего контроля запасов, объединяющая все основные составляющие внутреннего контроля. Сформированы рекомендации по методическому обеспечению контрольной функции бухгалтерского учета. Выводы. Разработанная концептуальная модель организации системы внутреннего контроля учитывает специфику учетных процедур с целью внутреннего контроля в бюджетных учреждениях. Применение предлагаемой в статье методики позволит избежать формализации контрольных процедур, что повысит эффективность системы внутреннего контроля.