Desde fins do século XVIII até o início do século XIX observamos um contraste bastante evidente no âmbito da Filosofia da Ciência: de um lado, o prestígio das ciências naturais; de outro, fortes críticas à Metafísica. A obra de Edmund Husserl espelha esse momento e, a partir de influências decisivas de autores como Descartes, Hume, Kant e Brentano, dentre outros, propõe uma resposta antagônica e invertida à desproporção entre Ciências Naturais e Filosofia. Ora, se ser positivista é fundamentar o saber acerca das coisas, o fenomenólogo torna-se o autêntico positivista, e a Filosofia (fenomenológica), a verdadeira ciência. Para chegar a esta posição tão inusitada Husserl precisou construir uma ontologia transcendental. Mostrar um pouco este percurso, ou seja, o entendimento husserliano de crítica ao dogmatismo das Ciências Naturais e fundação, como contrapartida, da sua ontologia é o objetivo do presente artigo.