На примере анализа показателей федерального проекта «Борьба с сердечно-сосудистыми заболеваниями» рассмотрены организационные проблемы применения проектных методов управления в здравоохранении. Показано, что за счет реализации мероприятий федеральных проектов существенно увеличились государственные расходы на здравоохранение и объемы оказываемой населению медицинской помощи. Однако, несмотря на огромные дополнительные объемы финансирования, результаты реализации проекта остаются довольно неопределенными. Демографические потери остановить не удается, качество медицинской помощи ухудшается, расходы населения на платные медицинские услуги растут. Особую тревогу вызывает высокая смертность населения в трудоспособном возрасте, особенно среди лиц мужского пола. Это явление в современных социально- экономических и геополитических условиях приобретает катастрофический характер, так как оказывает значительное влияние на обеспеченность общества рабочей силой, обороноспособность страны. В условиях инфекционной пандемии система здравоохранения становится чрезвычайно зависимой от действий и финансирования со стороны государственного бюджета. И поэтому в кризисных ситуациях необходимо изменять структуру и направления расходов, осуществлять не только корректировку целевых показателей, но и гибкое планирование, которое на случай чрезвычайных ситуаций обеспечит максимальную клиническую и экономическую эффективность медицинской деятельности.