Рассматриваются современные данные, отражающие биологические эффекты главного комплекса гистосовместимости в распознавании чужеродных антигенов и особенностях развития адаптивного иммунного ответа. Известно, что презентация антигена молекулами главного комплекса гистосовместимости инициирует развитие адаптивного иммунного ответа. Антигены для презентации либо генерируются из белков в результате клеточных трансляционных механизмов, либо транспортируются в эндоплазматический ретикулум. Распознавание антигена Т-клеточным рецептором запускает пролиферацию Т-лимфоцитов и развитие клеточно опосредованного иммунного ответа. Пептидный репертуар представляемых антигенов во многом зависит от структурных особенностей связывающего участка каждого конкретного аллельного варианта молекул главного комплекса гистосовместимости. Кроме того, пептидные редакторы — тапасин для молекул главного комплекса гистосовместимости I класса и человеческий лейкоцитарный антиген DM для II класса — способствуют отбору антигенов и их высокоаффинному связыванию. Однако не установлено, почему определенные аллельные варианты главного комплекса гистосовместимости более восприимчивы к пептидному редактированию, чем другие. После обработки пептидный репертуар, представленный молекулами главного комплекса гистосовместимости, в значительной степени зависит от структурных особенностей антиген-связывающего сайта каждого конкретного аллельного варианта главного комплекса гистосовместимости. Антигенпрезентирующие клетки, используя механизм перекрестной презентации, отбирают образцы из внеклеточной среды и представляют их молекулам главного комплекса гистосовместимости. Поэтому идентификация сайтов загрузки пептидов во время перекрестной презентации является ключевой проблемой. Мономорфная консервативная молекула MR1, в отличие от других молекул, представляет небольшие органические молекулы. Комплексы MR1-антиген распознаются инвариантным Т-клеточным рецептором. В представлении антигенов важная роль принадлежит субпопуляциям классических дендритных клеток 1-го и 2-го типов, а также плазмоцитоидных дендритных клеток, которые функционируют под контролем множественных факторов транскрипции, экспрессируемых в уникальных комбинациях.