Secara umum tujuan penelitian ini adalah untuk memahami dan menganalisis fenomena otonomi moral keagamaan mahasiswa Fakultas Tarbiyah, yang diharapkan dapat menjadi balikan bagi perumusan model ideal pendidikan moral yang sesuai dengan kaidah agama Islam. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain studi kasus terpancang {embedded case study), dengan mengambil latar Fakultas Tarbiyah UII. Model ini diharapkan dapat memberikan gambaran makna mendalam tentang perilaku keseharian mahasiswa-mahasiswi sesuai fokus penelitian yang diajukan. Pengamatan, wawancara, rekaman audio dan rekaman visual digunakan dalam proses pengumpulan data yang melibatkan mahasiswa dan dosen. Analisis domain, taksonomik, komponensial dan tema digunakan dalam mereduksi dan mengklasifikasi data yang diperoleh u ntuk mendeskripsikan kenyataan empiris. Hasil penelitian menunjukkan perilaku kegamaan yang ditampilkan para informan cenderung tidak memiliki otonomi moral keagamaan yang baik, atau masih dalam tahapan heteronomi. Hal tersebut ditunjukkan adanya pelbagai harapan atas pelaksanaan perintah yang dilakukan, ataupun penghindaran larangan. Kedua, dalam memeluk agama tampaknya secara umum informan masih bersifat pewarisan dari para orang tuanya. Ketiga, dalam upayanya untuk membangkitkan otonomi moral keagamaan mahasiswa, dosen melakukan dengan cara himbauan, nasehat, ataupun bimbingan yang diberikan pada waktu-waktu tertentu dan tidak terjadual dalam kegiatan tatap muka di kelas. Berdasarkan pada hasil penelitian diajukan beberapa saran, yaitu: Pertama, adanya pengakuan informan bahwa agama yang dianutnya merupakan agama warisan orang tua mereka, dapat dijadikan sebagai fokus pada penelitian berikut. Kedua, dalam penelitian ini kajian otonomi moral keagamaan dilihat dari sudut pandang agama Islam. Tentunya melihat variasi agama yang ada di Indonesia, sudut pandang penelitian lanjutan dapat dilakukan melalui "kaca mata" agama-agama yang berbeda.