En nopal (Opuntia spp.) como en muchos géneros, los problemas de clasicación taxonómica son frecuentes, esto complica la identicación correcta de cultivares. Este estudio se realizó con la nalidad de detectar polimorsmo en nueve cultivares de nopal de las especies O. amyclaea Ten. (O. albicarpa), O. megacantha, O. crassa y O. cus-indica (L.) Mill., ubicados en la reserva de germoplasma de la Unidad Regional Universitaria de Zonas Áridas de la Universidad Autónoma Chapingo. La proteína soluble de las raíces se separó por electroforesis para evaluar la presencia de nueve sistemas enzimáticos. De estos, fosfoglucomutasa (PGM), 6-fosfogluconato deshidrogenasa (6- PGD), glutamato oxaloacetato transaminasa (GOT) y malato deshidrogenasa (MDH) expresaron reacción suciente para una identicación de bandas de actividad enzimática. Las enzimas málicas (ME) y aconitasa (ACO) no presentaron polimorsmo, por tanto no se recomiendan para la clasicación de cultivares de nopal. En contraste, PGM, 6-PGD, GOT y MDH presentaron diferencias o polimorsmo indeterminado en su patrón de bandeo, por lo que se consideran relevantes para la identicación taxonómica y evaluación de la variabilidad genética de nopal.