RESUMO O Sistema Estuarino-Lagunar de Cananéia-Iguape - SELCI, abriga cerca de 50% das áreas de manguezal do Estado de São Paulo, sendo considerado um dos estuários mais conservados da costa brasileira. Essa importante paisagem costeira da região Sudeste que abriga manguezais muito bem conservados, tem merecido atenção por parte da comunidade científica por mais de quatro décadas. Os manguezais de Cananéia têm sido amplamente estudados, com difusão dos resultados por meio das diferentes modalidades de publicações, contribuindo para ampliar os conhecimentos sobre estrutura, função e serviços ecossistêmicos, com maiores informações sobre os ambientes da Ilha do Cardoso e sua conectividade ecossistêmica com o SELCI. O texto narra de forma cronológica como foram desenvolvidos os projetos de pesquisa, desde a primeira visita em 1978. Estabelecidas as áreas de monitoramento (rio Perequê, rio Sítio Grande e "Cardoso"), foram desenhados os respectivos protocolos de campo, dentre os quais identificamos: cobertura vegetal com os tipos de bosques de mangue, posicionamento das parcelas amostrais em função do gradiente de inundação e identificação das espécies vegetais típicas de mangue, dando sequência com os demais registros das características estruturais e funcionais previstas em manuais de métodos internacionais especializados. As espécies vegetais típicas de mangue na Ilha do Cardoso são: o mangue-vermelho (Rhizophora mangle L.), o mangue-branco (Laguncularia racemosa (L.) Gaertn.f.) e o mangue-preto (Avicennia schaueriana Stapf and Leechman). Com o tempo, foram adicionados novos experimentos, tais como a estimativa da produtividade primária por meio da produção de serapilheira, a decomposição das folhas das três espécies vegetais típicas de mangue nos ambientes entremarés e infralitoral, e respectivos decaimentos nutricionais por meio das análises dos teores de C/N, além da dinâmica de desenvolvimento de propágulos do mangue-vermelho. Com a experiência dos vários anos de estudos, foi adotada como plataforma de trabalho a "Transversal Cardoso", de 340 m de comprimento, desde a franja do bosque de mangue junto à Baía de Trapandé ao ecótono entre os ecossistemas manguezal-restinga. Nesta transversal foram desenvolvidos vários experimentos, considerando algumas das variáveis abióticas, características estruturais e de diversidade biológica, em relação à dinâmica dos diferentes tipos de bosques de mangue. Complementando os objetivos de conhecimento para conservação do ecossistema manguezal, não somente na Ilha do Cardoso, mas em todo o SELCI, são mencionados o mapeamento dos padrões e níveis hierárquicos dos manguezais, sob uma visão sistêmica no contexto da ecologia da paisagem. Encerramos a cronologia dos relatos constatando a importância dos manguezais deste segmento costeiro do Sudeste, em termos dos elevados valores numéricos de estoque/ sequestro de carbono registrados para o solo ("standing-stock"), a biomassa aérea e a serapilheira no contexto das mudanças do clima. Todos os estudos contaram com Auxílios à Pesquisa e Bolsas de aperfeiçoamento, mestrado e doutorado, aprovadas pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - FAPESP e Small Grants Fund da Convenção de Ramsar, cujos auxílios são destinados à conservação e uso sustentável dos recursos das áreas úmidas.