Penelitian ini bertujuan untuk menganalisa pengaruh sifat kualitatif warna bulu terhadap sifat kuantitatif serta hubungan antara gen TYR dengan sifat kualitatif dan kuantitatif puyuh Cortunix cortunix japonica. Metode penelitian yang digunakan adalah metode deskriptif analitik. Materi yang digunakan adalah 222 ekor puyuh Cortunix cortunix japonica yang dipelihara di Pasuruan. Pengamatan ekspresi gen TYR melalui analisa qPCR sebanyak 21 sampel dengan primer gen TYR. Analisa data menggunakan analisis ragam satu arah dan dilanjutkan dengan uji BNT. Sifat kualitatif yang diamati adalah warna bulu coklat muda (CM), coklat tua (CT) dan Hitam (H). Pengamatan sifat kuantitatif meliputi panjang tarsometatarsus (PTM), panjang tibia (PT), panjang sayap (PS), lingkar dada (LD) dan bobot badan (BB). Hasil penelitian menunjukkan bahwa warna bulu berpengaruh sangat nyata (P < 0,01) terhadap sifat kuantitatif puyuh, warna bulu H mempunyai sifat kuantitatif sangat nyata lebih tinggi dibandingkan dengan puyuh CM dan CT. Rataan ekspresi gen TYR hasil qPCR dengan nilai tertinggi pada warna bulu H sebesar 2,44 dan diikuti oleh CM 1,73, sedangkan terendah pada CT 2,19. Semakin tinggi nilai kuantifikasi gen TYR maka semakin gelap warna bulu puyuh dan semakin tinggi nilai sifat kuantitatif ukuran tubuh.