O gênero Butia (Arecaceae) é um pequeno gênero subtropical com espécies no sul da América do Sul, considerado ornamental. Além disso, seus frutos são apreciados pelo sabor e aroma peculiares. Porém, no Rio Grande do Sul, as populações naturais sofrem com o avanço das atividades rurais e da construção imobiliária. O objetivo deste trabalho foi caracterizar oito populações de Butia capitata ocorrentes no Rio Grande do Sul através de marcadores moleculares do tipo AFLP. Pela análise molecular da variância, foi possível verificar que 83,68% da variabilidade genética são atribuídos à variação entre populações e 13,67% são atribuídos a diferenças entre populações dentro de regiões. A análise comparativa entre as oito populações feita de duas a duas demonstrou que são significativas as diferenças entre 15 populações, com média de 14,72% da variação molecular atribuída às diferenças entre populações. Este resultado indica a presença de variabilidade genética distribuída entre todas as populações, sem subdivisão decorrente de isolamento geográfico.The Butia genus (Arecaceae) is a small genus with subtropical species distributed in South America widely used as an ornamental plant. Besides, its fruits are appreciated for its unique flavor and aroma. But in some regions in Rio Grande do Sul State natural populations suffer with progress of building and rural activities. The aim of this study, therefore, was characterizing eight populations of Butia capitata through AFLP markers. By analysis of molecular variance was possible to verify that 83.68% of genetic variability is attributed to variation among populations and 13.67% is attributed to differences among populations within regions. In the pair-wise analysis, differences between 15 populations were significant, with an average of 14.72% of molecular variation attributed to differences between populations. This result indicates the presence of genetic variability distributed among all populations, without subdivision arising from geographical isolation.