El conocimiento de la distribución de los microorganismos y la actividad enzimática en las fracciones de agregados del suelo con manejo agrícola puede contribuir a comprender mejor los servicios ecosistémicos del suelo. El objetivo de este trabajo fue evaluar el efecto de los sistemas de labranza (siembra directa y labranza convencional) sobre la abundancia de microorganismos (hongos y bacterias) y la actividad biológica del suelo a nivel de los microagregados del suelo. Los estudios se replicaron en suelos de dos sitios ambientalmente diferentes de la región pampeana. Las muestras fueron tamizadas en húmedo, obteniéndose las siguientes fracciones de agregados: 2000-63, 63-20, 20-2 y 2-0,1 μm. La abundancia de bacterias y hongos fue medida por qPCR encontrándose diferente abundancia según el tamaño de agregados. Los perfiles fisiológicos a nivel de comunidades se diferenciaron según el tamaño de agregados independientemente del sistema de labranza y del sitio muestreado. Por el contrario, a nivel de agregados los perfiles de actividad enzimática se agruparon principalmente por el sistema de labranza y no por el tamaño de los mismos. Estos resultados nos permiten sugerir que la provisión de servicios ecosistémicos del suelo es el resultado de una integración de la estructura física a nivel de agregados y la actividad bioquímica propia de éstos.