O bovino Mantiqueira é atualmente considerado uma raça nativa brasileira, resultante de um dos programas de seleção do Instituto de Zootecnia para produção de leite a pasto. A caracterização da variabilidade foi realizada através de análises eletroforéticas. Alguns sistemas protéicos foram escolhidos por apresentarem determinados alelos que ocorrem em freqüências específicas, ou alelos exclusivos de raças pertencentes aos grupos Bos indicus eBos taurus, tais como os alelos Caz e Albc e os alelos Caf e Pep-B3, respectivamente. Para o rebanho Mantiqueira, as respectivas freqüências dos alelos HbA, Hbh, Cas, Caf, Pep- B1, Pep-B2, Pep-B3, Am-IB, Am-Ic, AlbA , AlbB, TfA, TfD TfEforam 0,962 ± 0,013 e 0,038 ± 0,013; 0,890 ± 0,022 e 0,110 ± 0,022; 0,118 ± 0,023, 0,818 ± 0,026 e 0,064 ± 0,015; 0,547 ± 0,033 e 0,453 ± 0,033; 0,897 ± 0,021 e 0,103 ± 0,021; 0,256 ± 0,029; 0,573 ± 0,030 e 0,171 ± 0,024. Os valores de P, Pa, Ap e H, que expressam a variabilidade genética existente nos Iocos da Hb, CA, Pep-B, PGD, SOD, Am-I, Alb e Tf, foram os seguintes: 0,750; 0,8890; 2,3 e 0,1814 ± 0,0683. Esses altos valores obtidos no rebanho Mantiqueira, quando comparados com as raças européias, sugerem que esse rebanho apresenta um grande potencial para programas de seleção e melhoramento. Além disso, a não ocorrência de alelos específicos zebuínos no rebanho estudado sugere que, se originalmente presentes, os alelos foram substituídos pelos da raça Holandesa, há muitas décadas.