Durante invierno de 1999 y la primavera del 2000 se realizaron muestreos mensuales de variables fisicoquímicas y biológicas en la columna de agua y sedimentos para estudiar los eventos de marea roja en la Bahía de Todos Santos. Por primera vez en esta área se determinaron cualitativa y semicuantitativamente las abundancias relativas de quistes de dinoflagelados que forman paredes de dinosporina. Se identificaron 18 especies de quistes de hábitat nerítico templado y templado-frío, correspondientes principalmente a las familias Gonyaulacaceae y Congruentidaceae. La distribución de los quistes está confinada a la franja costera en profundidades menores de 25 m, asociados a sedimentos finos y medios, funcionando como semilleros de los florecimientos recurrentes de primavera y verano. Se identificaron 42 especies de dinoflagelados en su forma planctónica, pertenecientes a las familias Dinophysiaceae, Oxyphysaceae, Gymnodiniaceae, Polikrikaceae, Ceratiaceae, Gonyaulacaeae, Pyrocystaceae, Calciodinellaceae, Protoperidiniaceae y Prorocentraceae, las cuales representan cinco ordenes de la división Pyrrophyta. Lingulodinium polyedrum Stein (Dodge) fue la especie más abundante en los sedimentos y columna de agua de la bahía y es la especie dominante durante los florecimientos de primavera y verano en la bahía. El factor determinante para el inicio de los florecimientos es la temperatura. La irradiancia y los nutrientes nitrogenados contribuyen en la continuación y fase estacionaria de los eventos de marea roja.

From winter of 1999, to spring of 2000 the water column and sediments of Todos Santos Bay were monitored to get information on the physical-chemical and biological variables related to red tide events in the area. Relative abundances of dinoflagellate cysts with dinosporin walls were determined qualitatively and quantitatively for the first time in this area. Eighteen neritic species of dinoflagellate cysts, characteristic of temperate to temperate-cool regions were identified from sediments, mainly from the Gonyaulacaceae, and Congruentidiaceae families. The cysts were concentrated in the coastal zone, at depths less than 25 m, associated with fine sediments. Forty two planktonic dinoflagellate species were identified, belonging to the Dinophysiaceae, Oxyphysaceae, Gymnodiniaceae, Polykrikaceae, Ceratiaceae, Gonyaulacaeae, Pyrocystaceae, Calciodinellaceae, Protoperidiniaceae and Prorocentraceae families, representing five orders of the Pyrrophyta división. In all samples Lingulodinium polyedrum (Stein) Dodge was the more abundant species in the sediments and the water column, and was the dominant species during the spring and summer red tides in the bay. Temperature was the main factor determining the blooms initiation. Irradiance and nitrogenated nutrients contribute to the continuity and the stationary phase of the red tides events.