O Herbário CNPO da Embrapa Pecuária Sul foi criado em 1978. Inicialmente era um herbário particular, pertencente à pesquisadora Ana Maria Girardi-Deiro, com material resultante de trabalhos sobre identificação de espécies dos campos naturais. Quando a pesquisadora solicitou a sua cedência da Secretaria para a Embrapa, em 1978, o herbário foi incorporado à Unidade (na época UEPAE Bagé e depois CNPO) por ser um importante instrumento de trabalho para as pesquisas em campo nativo. Foi dada a sigla CNPO devido ao nome da Embrapa na época (Centro Nacional de Pesquisas em Ovinos), sendo esta registrada à Rede Brasileira de Herbários no ano de 1990 pela sua ex-curadora. O registro no Index Herbariorum foi realizado em março de 2012 pela atual curadora. O Herbário CNPO possui atualmente cerca de 4.300 registros de plantas vasculares. Estas amostras provêm, em sua maioria, do Estado do Rio Grande do Sul, tendo vários exemplares representativos da flora regional (Bioma Pampa), inclusive incluindo tipos nomenclaturais. Do total de 129 famílias representadas no Herbário CNPO, destacam-se Poaceae (598 registros), Asteraceae (468), Fabaceae (369) e Rubiaceae (123). Essas famílias, juntamente com outras de menor epresentatividade, aparecem com destaque na flora herbácea dos campos da região. O herbário conta ainda com 5 gimnospermas, 54 pteridófitas, e uma pequena coleção de algas litorâneas macroscópicas, com 15 amostras, obtidas por doação. Há quatro espécimes tipo entre eles: dois isótipos e dois parátipos. Os isótipos estão representados por Sympa riograndensis Ravenna, Iridaceae e Heterothalamus rupestris Deble et al., Asteraceae. Os parátipos incluem: Adesmia riograndensis Miotto, Fabaceae e Heterothalamus rupestris Deble et al.