Sapovirus, miembro de la familia Caliciviridae, es un agente emergente de gastroenteritis aguda que afecta principalmente a niños menores de 5 años. Se conoce muy poco sobre la epidemiología de este virus en nuestro país. Este trabajo es el primero en estudiar Sapovirus en una población de niños menores de cinco años con gastroenteritis aguda quienes requirieron de atención médica. Un total de 622 muestras de hisopados rectales fueron recolectados, 490 “casos” (niños con diarrea o vómitos que acudieron a la Unidad de Rehidratación Oral-URO) y 132 “controles” (niños sin diarrea ni vómitos que acudieron a otros servicios médicos), todas las muestras fueron recolectadas en el Instituto Nacional de Salud del Niño (INSN) en Lima, Perú. El RNA fue extraído empleando QIAamp® Viral RNA Mini kit y el cDNA sintetizado con Superscript III kit . La detección de Sapovirus se realizó mediante la prueba de PCR en tiempo real que amplifica una región del gen que codifica la proteína viral VP1. Las muestras positivas fueron posteriormente amplificadas mediante la prueba de PCR convencional y el producto de amplificación fue secuenciado con fines de genotipificación. De los 490 casos, 48 (9,80%) resultaron positivas a Sapovirus mediante la prueba de PCR de tiempo real; 44 de estas muestras pudieron ser tipificadas mediante secuenciamiento. De las 44 muestras genotipifcadas, 18 fueron clasificadas como SaV - GI, 18 como SaV - GII, 6 como SaV GIV y 2 como SaV - GV. Los resultados del presente estudio sugieren que Sapovirus es un agente etiológico importante de diarrea en niños menores de 5 años.