Kontrola podatkowa przeprowadzana jest przez organy podatkowe pierwszej instancji zarówno państwowe, jak i samorządowe w trybie przewidzianym w przepisach Ordynacji podatkowej, u podatników, płatników, inkasentów oraz następców prawnych. Kontrola przeprowadzana jest na podstawie analizy ryzyka rozumianego jako prawdopodobieństwo wystąpienia naruszenia przepisów prawa, ale może być również przeprowadzana niezależnie od rezultatów analizy ryzyka, o ile ma charakter losowy. Podstawowe kryteria kontroli to legalność, rzetelność oraz terminowość. Kontrola podatkowa u przedsiębiorców prowadzona jest na podstawie przepisów zarówno Ordynacji podatkowej, jak i ustawy o swobodzie działalności gospodarczej. Powołane przepisy powinny gwarantować podatnikom ochronę prawną ich interesów przed samowolą organów podatkowych i nie powinny zawierać rozwiązań stworzonych przez resort finansów przede wszystkim dla wygody administracji podatkowej, których celem będzie głównie zabezpieczenie interesów Skarbu Państwa.