Los procesos de aprendizajes de hoy deben generar soluciones a las necesidades de la comunidad educativa, para que los estudiantes desarrollen competencias que les permitan dar respuesta a los problemas que deben enfrentar. Desde las Ciencias Naturales se presenta esta propuesta de innovación pedagógica enfocada a promover el uso comprensivo del conocimiento científico desde la enseñanza del sistema digestivo humano mediante la metodología Aprendizaje Basado en Problemas, en estudiantes de grado quinto de básica primaria pertenecientes a tres Instituciones Educativas del Distrito de Santa Marta, mediante el diseño e implementación de una secuencia didáctica, que permita la movilización y aplicación de los conocimientos adquiridos en la resolución de problemas de la vida cotidiana. Metodológicamente, se inició con el diagnóstico de las instituciones intervenidas, diseñando la secuencia didáctica “El misterioso viaje de los alimentos” fundamentada desde los referentes teóricos y legales, dando paso a la implementación de actividades estructuradas y articuladas alrededor de una situación problema. A través de la contrastación teórica se analiza la información derivada de los instrumentos aplicados: pretest, postest, rúbricas de evaluación e informe de resultados frente a la situación problema. Finalmente, se establecen las reflexiones y hallazgos relevantes que sustentan la efectividad del ABP para promover el uso comprensivo del conocimiento científico, sugiriendo mejoras de la práctica pedagógica que puedan impactar positivamente en los procesos de enseñanza y aprendizaje en contextos educativos diferentes.