Objetivos: A Estomatite Aftosa Recorrente é uma doença da cavidade oral de etiologia desconhecida. Contudo, foi sugerida como possível causa a suscetibilidade à atividade de determinados micro-organismos presentes na cavidade oral, entre os quais se destacam Streptococcus sanguinis. Dado um possível antagonismo com Streptococcus mutans, procurou-se estabelecer uma relação entre esta doença e o risco de Cárie Dentária. Materiais e Métodos: Amostra de 30 participantes, entre os 6 e os 18 anos, dividida em 2 grupos, um grupo controlo e outro com Estomatite Aftosa Recorrente. Aplicou-se um questionário de recolha de história clínica, a ambos os grupos, e avaliou-se a Estomatite Aftosa Recorrente do grupo com a doença. De seguida, registaram-se índices para determinação do risco de Cárie Dentária. Complementou-se com recolha salivar para análise fenotípica e bioquímica das espécies bacterianas. A análise estatística descritiva e analítica foi efetuada com recurso ao programa SPSS. Resultados: Obtiveram-se resultados estatisticamente significativos da existência de uma relação entre a prevalência da Estomatite Aftosa Recorrente e o risco de Cárie Dentária numa população infantojuvenil (p=0.022). As contagens microbianas demonstraram um possível antagonismo bioquímico entre as espécies, com contagens elevadas para Streptococcus sanguinis e contagens baixas para Streptococcus mutans, o que levou a ponderar a existência da razão “Streptococcus mutans/ Streptococcus sanguinis”, que serve de indicador do risco de cárie. Contudo, as contagens foram semelhantes para ambos os grupos. Conclusões: Os resultados permitem inferir que a Estomatite Aftosa Recorrente pode acarretar risco de Cárie Dentária. Sendo a Estomatite Aftosa Recorrente uma doença com impacto psicossocial e na qualidade de vida de crianças e adolescentes, a determinação da sua etiologia é fundamental, especialmente após a descoberta de uma associação com a Cárie Dentária. Quanto aos micro-organismos, a sua influência na relação entre as duas doenças permanece desconhecida.