Økonomiske rammebetingelser for kunnskapsorganisasjoner innenfor forskningssektoren har endret seg til økt grad av konkurranseutsatte midler. Forskning er fortrinnsvis en nedenfra –og-opp prosess hvor vitenskapelig produksjon i all hovedsak er gitt den enkelte forskers innsats. Forskning på ledelse av kunnskapsarbeidere har relativt nylig fått fokus, og til tross for flere omorganiseringer av forskningsinstitutt har det i liten grad blitt undersøkt hvordan slike prosesser påvirker kunnskapsarbeideres motivasjon og vitenskapelig produksjon. I dette case-studiet ønsket vi å undersøke i hvilket omfang omorganisering av et forskningsinstitutt påvirket forskerens motivasjon og vitenskapelige publisering under og etter omorganiseringen. Publiseringsdata og intervjusvar er analysert i et kvasi-eksperimentelt design, hvor vi brukte kontraster i omorganiseringsgrad mellom tre avdelinger for å undersøke endringer i motivasjon og vitenskapelig produksjon før og etter omorganiseringen. Mens intervjuene viste at forskerne opplevde sin motivasjon og produksjon negativt påvirket av omorganiseringen, viste statistiske analyser ingen forskjeller mellom de tre ulike omorganiseringsgradene verken i opplevd endring i motivasjon eller vitenskapelig produksjon, eller i offentlige publiseringsstatistikk. Motivasjon og produksjon var korrelert med medvirkning, der medvirkning reduserte negative effekter på motivasjon og produksjon. Informantene ga også uttrykk for at en sterk følelse av usikkerhet rundt sin framtid som forsker medførte behov for pålitelig informasjon og medvirkning. Vårt case-studie er en av få empiriske undersøkelser av produksjonsendringer i kunnskapsorganisasjoner under omorganisering. Våre undersøkelser tyder på at forskernes motivasjon i stor grad er av indre karakter, der mestringsfølelse og en følelse av å bidra til utvikling er viktige faktorer. Følgene omorganiseringen får for organisasjonen kan derfor være avhengig av hvorvidt den enkelte forsker opplever den som en trussel mot sin profesjonsidentitet og framtidsutsikter. Endringsledelse i kunnskapsorganisasjoner bør derfor søke å opprettholde forutsigbarhet gjennom omorganiseringprosessen ved aktiv kommunikasjon og involvering av forskerne i prosessen.