Durante los últimos años, la inclusión escolar ha sido objeto de múltiples estudios y políticas públicas. No obstante, es habitual ver que se trabaja sobre el supuesto de escuelas con características urbanas, con estudiantes diferenciados por niveles, y en las que existe, en alguna medida, una comunidad pedagógica que posibilita el apoyo en el aula y la reflexión docente. Esto deja fuera del foco de la discusión sobre inclusión a la escuela rural multigrado. A través de un estudio de caso cualitativo, este artículo analiza la forma en que las escuelas rurales multigrado de una comuna del norte chico de Chile abordan la inclusión de estudiantes con necesidades educativas especiales. Los resultados muestran que la aplicación de políticas con enfoque urbano en sectores rurales generan diversas problemáticas y profundizan las desigualdades territoriales, y revelan hitos críticos necesarios de ser abordados: la integralidad de la inclusión, la continuidad de los procesos inclusivos, y los momentos de egreso y transición escolar.