O artigo trata da guerra empreendida pelos pataxós e botocudos no sul da Bahia, na segunda metade do século XIX, como uma das escolhas políticas levadas a cabo pelos indígenas no contexto da prática do plano de nacionalização dos índios e do avanço da fronteira da colonização regional, com o objetivo de garantir a sua permanência e autonomia no território. Palavras-chave: guerra; pataxós; botocudos; sul da Bahia.