โรคขอบใบแห้ง (Bacterial leaf blight) เกิดจากเชื้อแบคทีเรีย Xanthomonas oryzae Pv. oryzae จัดเป็นโรคที่สำคัญมากโรคหนึ่งของข้าวเนื่องจากการระบาดรุนแรงและทำความเสียหายในแหล่งปลูกข้าวที่สำคัญในทุกภาคของประเทศไทย เชื้อ X. oryzae pv. oryzae สามารถพัฒนาตัวเองให้เข้าไปทำลายพันธุ์ต้านทานที่มียีนต้านทานเดียวได้ภายในระยะเวลาอันรวดเร็ว จึงทำให้ยากต่อการปรับปรุงพันธุ์ต้านทานต่อโรคนี้ การศึกษาถึงสายพันธุ์เชื้อ (Pathotype) จึงเป็นข้อมูลที่สำคัญในการวางแผนการใช้ยีนในการปรับปรุงพันธุ์ข้าว ให้มีความต้านทานต่อโรคขอบใบแห้งอย่างมีประสิทธิภาพและยั่งยืน แต่การคัดกรองสายพันธุ์เชื้อเป็นวิธีที่ต้องใช้เวลาและแรงงาน ดังนั้นการใช้เทคนิคด้านพันธุศาสตร์โมเลกุลเพื่อหาความแตกต่างของแต่ละสายพันธุ์เชื้อในการพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมาย (Molecular Marker) จะช่วยให้การคัดกรองสายพันธุ์เชื้อมีความรวดเร็วขึ้น ในงานวิจัยนี้จึงทำการศึกษาเชื้อ X. oryzae pv. oryzae จำนวน 80 ไอโซเลท ที่แยกมาจากข้าวที่เป็นโรคขอบใบแห้งจาก 12 จังหวัด ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทย โดยใช้เทคนิควิธี PCR-based ได้แก่ RAPD-PCR rep-PCR และ IS-PCR ใช้ไพรเมอร์ทั้งหมด 15 ไพรเมอร์ ที่ผ่านการสำรวจและคัดเลือกแล้วมาช่วยในการจัดกลุ่มของเชื้อ สามารถแบ่งเชื้อออกเป็น 13 กลุ่ม โดยในกลุ่มใหญ่มีการกระจายของเชื้อที่มาจาก 10 จังหวัด จากผลการจัดกลุ่มได้คัดเลือกแถบดีเอ็นเอที่มีความจำเพาะของเชื้อในกลุ่มที่ 1 และกลุ่มที่ 3 จำนวน 3 แถบ มาพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมาย โดยการสังเคราะห์ชุดไพรเมอร์ 2 ชุด ได้แก่ MG1 และ MG2 เมื่อนำไพรเมอร์ทั้ง 2 ชุด ทดสอบกับเชื้อทั้ง 80 ไอโซเลท พบว่าเฉพาะในชุด MG1 ไพรเมอร์ ที่ได้ผลผลิต PCR ในขนาดที่ต้องการและจำเพาะกับเชื้อในกลุ่มที่ 1 จากผลการวิจัยสรุปได้ว่าเชื้อในภาคตะวันออกเฉียงเหนือของประเทศไทยมีความหลากหลายทางพันธุกรรมและมีการกระจายตัวไปทุกส่วนของภูมิภาคและความหลากหลายนี้สามารถพัฒนาโมเลกุลเครื่องหมายได้ 1 ชุด เพื่อใช้ในการคัดกรองสายพันธุ์เชื้อ ซึ่งเป็นข้อมูลที่สำคัญในการปรับปรุงพันธุ์ข้าวให้มีความต้านทานต่อโรคขอบใบแห้งอย่างมีประสิทธิภาพ