Pencarian kesamaan pensejajaran barisan DNA dengan menggunakan algoritma Smith – Waterman pada local alignment ini digunakan untuk mencari persentase kesamaan yang dihasilkan untuk mengetahui tingkat kesamaan pensejajaran 2 buah sekuen. DNA merupakan suatu makro molekul yang tersusun oleh nukleotida sebagai molekul dasar yang membawa sifat gen. Aplikasi pencarian kesamaan pensejajaran barisan DNA ini diharapkan dapat memberikan kemudahan dalam melakukan pensejajaran 2 buah sekuen sehingga menampilkan tingkat kemiripan dari kedua sekuen DNA tersebut. Pada penelitian ini, sebagai masukannya menggunakan string barisan DNA yang di peroleh dari National Center for Biotechnology Information ( www.ncbi.nlm.nih.gov ) yang memiliki keluaran berupa persentase kesamaan serta lamanya waktu proses dijalankan. Kata kunci : local alignment, Smith – Waterman , DNA