Este trabajo es el producto de un ejercicio multidisciplinario y examina el significado de la microbiología en la agricultura, haciendo énfasis en el beneficio de los biofertilizantes. Una evaluación de los biofertilizantes puede tratar un gran número de tópicos, cuya relevancia depende del interés del lector o tema concreto; sin embargo, el contenido principal está centrado en los tipos, modos de acción, factores que afectan su eficiencia, producción e impacto en la agricultura. La tecnología relativamente simple de la biofertilización se practica desde hace siglos y en la mayoría de los casos se reportan respuestas positivas sobre el rendimiento; sin embargo, resulta preocupante que en México no ha sido transferida y gran parte de los productores la desconoce. Por lo tanto, se requiere una mayor vinculación entre la industria y los científicos con el fin de colaborar en mejorar los sistemas de producción y calidad de los biofertilizantes. Además, es indispensable contar con asesoría, orientación y capacitación sobre su uso a los productores agrícolas.